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J-GLOBAL ID：201302245147858377   整理番号：13A1649418

コピア型レトロトランスポゾンの構造キャラクタリゼーションはバイオ燃料穀類Jatropha curcas Lにおけるマーカー開発の見解につながる

Structural characterization of copia-type retrotransposons leads to insights into the marker development in a biofuel crop, Jatropha curcas L.

著者 (5件)： ALIPOUR Atefeh (Osaka Univ., Osaka, JPN) ,  TSUCHIMOTO Suguru (Osaka Univ., Osaka, JPN) ,  SAKAI Hiroe (Osaka Univ., Osaka, JPN) ,  OHMIDO Nobuko (Kobe Univ., Hyogo, JPN) ,  FUKUI Kiichi (Osaka Univ., Osaka, JPN)
資料名： Biotechnology for Biofuels (Web)  (Biotechnology for Biofuels (Web))
巻： 6  号： Sept  ページ： 6:129 (WEB ONLY)  発行年： 2013年09月 
JST資料番号： U7022A  ISSN： 1754-6834  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： [背景]遺伝子標識化,変異誘発およびマーカー支援選択のための理想的な遺伝的ツールとしてコピア型レトロトランスポゾンの有望な特徴にも関わらず,それらはまだJatrophaゲノムにおいてキャラクタリゼーションされなかった。ここにJatrophaのAsian,AfricanおよびMesoamericanの受け入れにおけるコピア型レトロトランスポゾンの多様性,展開およびゲノム広さの組織化を調べ,このバイオ燃料穀類のためのレトロトランスポゾンベースマーカーを紹介した。[結果]コピア型テトロ元素の逆トランスクリプターゼ(RT)ドメインのための変性プライマを用いて拡大された全部で157RCRフラグメントを配列させ近接結合ツリーを構築した。単離コピアRTシーケンスが10のファミリーに分類され,それからそれらは3つの系統にグループわけされることを系統発生分析は示した。それぞれのファミリーのRTシーケンスのためのJatrophaゲノムの深さ研究はJatrophaコピア型ファミリーの完全合意シーケンスのキャラクタリゼーションしつながった。目標シーケンスの評価コピー数はファミリーの間で大きく異なり,それぞれのファミリーのための5kbフランキング領域内の遺伝子の存在した。5つのコピア型ファミリーはDNAマーカーシステム開発のための魅力的な候補であった。ファミリーJc7からの候補マーカーは特に種々のJatropha継承の間で遺伝的変種を検出できた。コピア型レトロトランスポゾンが末端部分領域に主として配置される染色体を交差して散乱されることをメタ相染色体への蛍光その場ハイブリッド化(FISH)は示す。[結論]これはDNAマーカーとして大きな可能性を有するファミリーの発見につながるJatrophaのゲノム広さの分析とコピア型レトロトランスポゾンの細胞遺伝マッピングに関する最初の報告である。個別のコピア型ファミリーの明瞭なダイナミックス,調べる遺伝子生存率を調べるレトロトランスポゾンベース挿入多形マーカーシステムの実行可能性およびコピア型レトロトランスポゾンを用いるJatrophaにおける飼育戦略の開発手法を考察する。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： レトロトランスポゾン ,  *生物燃料 ,  *トウダイグサ科 ,  RNAポリメラーゼ ,  DNAマーカー ,  染色体
準シソーラス用語： *バイオ燃料 ,  *Jatropha curcas ,  トランスクリプターゼ ,  ハイブリッド化

分類 (1件)： 生物燃料及び廃棄物燃料  (LB02020Y)

タイトルに関連する用語 (9件)： コピア ,  レトロトランスポゾン ,  キャラクタリゼーション ,  バイオ燃料 ,  穀類 ,  Jatropha ,  マーカー ,  開発 ,  見解