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J-GLOBAL ID：201302268780175688   整理番号：13A1926514

円形順列による蛋白質自由エネルギー景観の変調

Modulation of a Protein Free-Energy Landscape by Circular Permutation

著者 (4件)： RADOU Gaeel (Univ. Leeds, Leeds, GBR) ,  ENCISO Marta (Univ. Leeds, Leeds, GBR) ,  KRIVOV Sergei (Univ. Leeds, Leeds, GBR) ,  PACI Emanuele (Univ. Leeds, Leeds, GBR)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 117  号： 44  ページ： 13743-13747  発行年： 2013年11月07日 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ファージT4ライソザイム(WT^*T4L)のシステインなし変異体の野生型と円形順列両者の蛋白質自由エネルギー景観を決定するため構造に基づく最小フラストレーションモデルによる分子動力学シミュレーションを用いた。実験測定との良好な一致はこの特異的研究における構造に基づくモデル使用を正当化した。本アプローチの鍵は厳密で一般的である自由エネルギーの低次元投影を決定して,容易に解釈できる結果を提供することである。野生型WT^*T4Lの自由エネルギープロフィルはWT^*T4Lの主な特徴記述を提供した。三個の主な盆地,変性状態,中間体及び天然盆地を同定することができ,それに基づいてそれぞれの状態の構造と折畳み経路を考察した。

シソーラス用語： *リゾチーム ,  T4ファージ ,  *野生型 ,  *アミノ酸配列 ,  *自由エネルギー ,  フラストレーション効果 ,  *折畳み構造 ,  計算機シミュレーション ,  分子動力学 ,  方法論 ,  低次元系 ,  中間体 ,  遷移状態 ,  律速 ,  二次構造 ,  光トラッピング
準シソーラス用語： 幾何学的フラストレーション ,  協調性 ,  光ピンセット ,  構造モデル ,  蛋白質折畳み ,  蛋白質二次構造 ,  分子動力学シミュレーション ,  律速段階

分類 (2件)： 酵素一般  (EB09010D) ,  分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (6件)： 円形 ,  順列 ,  蛋白質 ,  自由エネルギー ,  景観 ,  変調