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J-GLOBAL ID：201302269403838695   整理番号：13A1685824

後生動物の多様性をメタバーコーディングするための,ミトコンドリアCOI領域の短い断片を標的とする新規汎用プライマーセット:サンゴ礁に棲む魚の腸の内容を特徴調査するためのアプリケーション

A new versatile primer set targeting a short fragment of the mitochondrial COI region for metabarcoding metazoan diversity: application for characterizing coral reef fish gut contents

著者 (10件)： LERAY Matthieu (CBETM de l’Univ. de Perpignan, Perpignan, FRA) ,  LERAY Matthieu (Smithsonian Institution, Washington, DC, USA) ,  YANG Joy Y (National Inst. of Health, Maryland, USA) ,  MEYER Christopher P (Smithsonian Institution, Washington, DC, USA) ,  MILLS Suzanne C (CBETM de l’Univ. de Perpignan, Perpignan, FRA) ,  AGUDELO Natalia (Smithsonian Institution, Washington, DC, USA) ,  RANWEZ Vincent (Montpellier SupAgro (UMR AGAP), Montpellier, FRA) ,  BOEHM Joel T (City Coll. of New York, NY, USA) ,  BOEHM Joel T (City Univ. New York, NY, USA) ,  MACHIDA Ryuji J (Academia Sinica, Taipei, TWN)
資料名： Frontiers in Zoology (Web)  (Frontiers in Zoology (Web))
巻： 10  号： June  ページ： 10:34 (WEB ONLY)  発行年： 2013年06月 
JST資料番号： U7029A  ISSN： 1742-9994  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 緒言:PCRベースの相同遺伝子解析は,特に,幅広い環境試料からの生物種構成の同定を可能にする次世代シークエンス解析プラットフォーム(NGS)が近年利用できるようになり,生物種の検出と同定のための最も強力なアプローチの1つとなった。これらの試料からの生物種同定は,分類学的識別のために配列を参照バーコードと突き合わせる能力に依存している。ミトコンドリア・チトクロムcオキシダーゼ・サブユニットI遺伝子(COI遺伝子)が現在公開中の参照ライブラリーにおいて最も広く利用できる配列領域であるにも関わらず,大半の環境試料調査はリボソームマーカーを標的としてきた。これは,利用できる汎用性COIプライマーセットによる増幅断片が多くのNGSアプリケーションには長すぎる(658bp)上に,従来のバーコーディング用プライマー配列は一部の分類学群ではあまり保存性が見られないからである。結果:まず,非常に変異の多いミトコンドリアCOI領域の内部に,新規PCRプライマー「mlCOIintF」を設計する。次に,リバースプライマー「jgHCO2198」と組み合わせて318bpの断片を増幅するこの新規フォワードプライマーは,DNAバーコーディング用の従来型汎用性プライマーセットよりも高い成功率で後生生物の多様性を検出可能である。最後に,効率的なバイオインフォマティクス・パイプラインにおいて短いCOI断片を用いることにより,ピロシークエンス技術による環境試料からの生物種多様性の特徴決定に使用可能であることを示す。本論文では,サンゴ礁に棲む魚3種(プランクトン食性魚およびベントス食性魚)の腸の内容を調べる。問題あるCOI配列を除去した後,魚16匹の腸から14門に属する合計334の操作的分類単位(OUTs)を得た。これらのうち,52.5%は参照バーコードと一致し,さらに32%はBayesian assignmentにより,より上位の分類レベルに割り付け可能であった。結論:mlCOIintFプライマーをjgHCO2198プライマーと組み合わせて313bpのCOI断片を増幅する腸の内容の分子解析は,後生動物のメタバーコーディング研究にとって非常に有望である。著者らはこのプライマーセットが,大規模な生物多様性評価から食物網研究までの幅広い適用に向けた価値ある財産になると考える。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： スズキ類 ,  硬骨魚類 ,  食性 ,  プランクトン ,  底生生物 ,  生物分類 ,  ヌクレオチド配列 ,  *ミトコンドリア遺伝子 ,  *プライマー【遺伝】 ,  生物多様性 ,  食物連鎖 ,  遺伝学実験技術 ,  消化器内容物 ,  環境試料 ,  同定 ,  系統差 ,  PCR法 ,  *符号化
準シソーラス用語： *COI遺伝子 ,  *PCR用配列特異的プライマー ,  イットウダイ科 ,  テンジクダイ科 ,  ピロシークエンス法 ,  次世代シークエンシング ,  種同定 ,  *分類学的DNAバーコーディング

分類 (3件)： 異種生物間相互作用  (EE01050A) ,  動物分類学  (EJ01030T) ,  遺伝学研究法  (EC01020N)

タイトルに関連する用語 (14件)： 動物 ,  多様性 ,  メタバーコーディング ,  ミトコンドリア ,  COI ,  断片 ,  標的 ,  汎用 ,  プライマー ,  サンゴ礁 ,  魚 ,  腸 ,  調査 ,  アプリケーション