統合プロテオーム解析用データ群の生成方法ならびに同生成方法にて生成した統合プロテオーム解析用データ群を用いる統合プロテオーム解析方法、およびそれを用いた原因物質同定方法

発明者： , , , , , ,
出願人/特許権者：
代理人 (1件)：松尾憲一郎
公報種別：再公表公報
出願番号（国際出願番号）：JP2011058366
公開番号（公開出願番号）：WO2011-125917
出願日： 2011年03月31日
公開日（公表日）： 2011年10月13日
要約：

タンパク質と遺伝子との両者の発現変動量を総合的に加味することができ、しかも、従来のタンパク質または遺伝子の発現変化量を単独で解析した場合に比して、より精度良く適切な解析結果を導くことのできる統合プロテオーム解析用データ群の生成方法ならびに解析方法、およびこれらの方法を用いて疾病等の原因タンパク質の同定方法ならびに使用方法を提供する。本発明の統合プロテオーム解析用データ群の生成方法は、各タンパク質毎の発現変動量データに、共通固有番号を付与するタンパク質固有番号共通化ステップと、各遺伝子毎の発現変動量データに、共通固有番号を付与する遺伝子固有番号共通化ステップと、両発現変動量データ群を結合するデータ結合ステップと、結合データ群を構成する各発現変動量データのうち、p値が所定値以上のデータを棄却するデータ棄却ステップと、同じ共通固有番号が付与されているデータに対し、所定の条件に基づいていずれか一方のデータを採用して、統合プロテオーム解析に供するデータ群を生成するデータ採用ステップと、を有する。さらに、本発明は、生成された統合プロテオーム解析用データ群をGO解析ならびにネットワーク解析により疾病や病態等の原因タンパク質を同定するとともに、その原因タンパク質を腫瘍マーカーなどとして使用することができる。

請求項（抜粋）：

2つの異なるサンプル群間のタンパク質の網羅的な発現変動量データ群と、前記2つの異なるサンプル群間の遺伝子の網羅的な発現変動量データ群とに基づいて、統合プロテオーム解析に供するデータ群を生成する統合プロテオーム解析用データ群の生成方法であって、前記タンパク質の網羅的な発現変動量データ群を構成する各タンパク質毎の発現変動量データに、そのタンパク質の第1のデータベースにおける固有番号と同タンパク質をコードする遺伝子の第2のデータベースにおける固有番号とに紐付けされた共通固有番号を付与するタンパク質固有番号共通化ステップと、前記遺伝子の網羅的な発現変動量データ群を構成する各遺伝子毎の発現変動量データに、その遺伝子の第3のデータベースにおける固有番号と同遺伝子より発現するタンパク質の第1のデータベースにおける固有番号とに紐付けされた共通固有番号を付与する遺伝子固有番号共通化ステップと、前記タンパク質固有番号共通化ステップを経たタンパク質の網羅的な発現変動量データ群と、前記遺伝子固有番号共通化ステップを経た遺伝子の網羅的な発現変動量データ群とを結合して、各タンパク質毎の発現変動量データと各遺伝子毎の発現変動量データとにより構成される結合データ群を生成するデータ結合ステップと、結合データ群を構成する各発現変動量データのうち、2つの異なるサンプル群間のタンパク質の発現変動量または遺伝子の発現変動量の有意差検定により得られたp値が所定値以上、または分散分析によるF値が所定値以下のデータを棄却するデータ棄却ステップと、前記データ棄却ステップを経た結合データ群のうち、タンパク質発現変動量データと遺伝子発現変動量データとで同じ共通固有番号が付与されているデータに対し、所定の条件に基づいていずれかのデータを採用して、タンパク質機能解析に供するデータ群を生成するデータ採用ステップと、を有することを特徴とする統合プロテオーム解析用データ群の生成方法。

IPC (6件)：

G06F 19/20 , G01N 33/68 , G01N 37/00 , G01N 33/58 , G01N 27/447 , G01N 27/62

FI (7件)：

G06F19/20 , G01N33/68 , G01N37/00 102 , G01N33/58 Z , G01N27/26 315H , G01N27/62 V , G01N27/62 X

Fターム (13件)：

2G041CA01 , 2G041DA04 , 2G041DA05 , 2G041EA04 , 2G041FA12 , 2G041GA09 , 2G041HA01 , 2G041HA02 , 2G041LA07 , 2G045AA25 , 2G045DA36 , 2G045FB05 , 2G045FB06

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