文献

J-GLOBAL ID：201402222694534150   整理番号：14A0434052

大規模生体リズム研究の設計および解析 生物学データにおける周期信号検出のためのアルゴリズムの比較

Design and analysis of large-scale biological rhythm studies: a comparison of algorithms for detecting periodic signals in biological data

著者 (5件)： DECKARD Anastasia (Duke Univ., NC, USA) ,  ANAFI Ron C. (Univ. Pennsylvania School of Medicine, PA, USA) ,  HOGENESCH John B. (Univ. Pennsylvania School of Medicine, PA, USA) ,  HAASE Steven B. (Duke Univ., NC, USA) ,  HARER John (Duke Univ., NC, USA)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 29  号： 24  ページ： 3174-3180  発行年： 2013年12月15日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 生体システムにおける周期性過程を調べるため,遺伝子発現データにおける周期性パターンを同定した。時系列データにおいて周期性を同定するための多くの方法を調べ,合成データおよび生物学データの両者で性能の良かった数学的見方の代表を選んだ。合成データを用いて,どのようにして各アルゴリズムが異なる曲線の形,期間,位相シフト,雑音レベルおよび採取率に応答するかを評価した。試験した生物学データセットは,Saccharomyces cerevisiaeにおける細胞周期および代謝周期,Mus musculusにおける概日周期とArabidopsis thalianaにおける根時計を含む種々の生物における多くの周期性過程を示した。これらの結果から,各アルゴリズムの力は異なることを見出した。これらの知見に基づいて,データの種類および関心のある周期性パターンに依存してこれらの方法を選択および応用するための推奨を示した。

シソーラス用語： *生体リズム ,  *周期 ,  *信号検出 ,  *アルゴリズム ,  生体系 ,  遺伝子発現 ,  データ ,  時系列 ,  曲線 ,  位相シフト ,  雑音指数 ,  Saccharomyces cerevisiae ,  細胞周期 ,  代謝 ,  マウス ,  日周期 ,  Arabidopsis thaliana ,  根 ,  時計遺伝子
準シソーラス用語： Mus musculus ,  概日周期 ,  雑音レベル ,  時系列データ ,  生体システム

分類 (3件)： 生体計測・解析一般  (EL03010R) ,  数値計算  (JE02000J) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (9件)： 大規模 ,  生体リズム ,  研究 ,  設計 ,  解析 ,  生物学 ,  周期 ,  信号検出 ,  アルゴリズム