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J-GLOBAL ID：201402231920151691   整理番号：14A1454779

細胞株の全体的なプロテオームプロファイル化のためのオフライン高pH逆相分画とナノ-液体クロマトグラフィー-質量分析法

An off-line high pH reversed-phase fractionation and nano-liquid chromatography-mass spectrometry method for global proteomic profiling of cell lines

著者 (6件)： WANG Hang (Instrumental Analysis Center, Shanghai Jiao Tong Univ., Dongchuan Road 800, Shanghai 200240, CHN) ,  SUN Shengnan (Shanghai Inst. of Materia Medica, Chinese Acad. of Sciences, Zuchongzhi Road 555, 201203, CHN) ,  ZHANG Yi (Shanghai Inst. of Materia Medica, Chinese Acad. of Sciences, Zuchongzhi Road 555, 201203, CHN) ,  CHEN Si (Instrumental Analysis Center, Shanghai Jiao Tong Univ., Dongchuan Road 800, Shanghai 200240, CHN) ,  LIU Ping (Shanghai Inst. of Materia Medica, Chinese Acad. of Sciences, Zuchongzhi Road 555, 201203, CHN) ,  LIU Bin (Shanghai Inst. of Materia Medica, Chinese Acad. of Sciences, Zuchongzhi Road 555, 201203, CHN)
資料名： Journal of Chromatography B  (Journal of Chromatography B)
巻： 974  ページ： 90-95  発行年： 2015年01月01日 
JST資料番号： W0571A  ISSN： 1570-0232  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 液体クロマトグラフィー-タンデム質量分析(LC/MS/MS)と1次元分画は,大規模なプロテオームプロファイル化実験での試料の複雑性の低減に広く利用されている。しかし,同定されるタンパク質の限られた数と比較的長い分析時間は,この方法の成功裏の適用への障害である。本研究で,種々の細胞株の全体的なプロテオームプロファイル化のための改良法を開発するために,オフライン高pH逆相分画(RPF)をナノ-LC-MS/MSと組み合わせた。1次元逆相HPLC分離で,消化した細胞タンパク質の300μgが高いpH条件下で78画分に分離され,低いpHでの2次元ナノ-LC-MS/MS分析で26画分に濃縮された。第1と第2の段階でのクロマトグラフィー条件を最適化し,タンパク質の定量のための精度と再現性を調べ,再現性の平均ピアソン相関係数は0.94であった。その後,6種の一般的な細胞株(DMS,MFM,HepG2,U2OS,293T,及び酵母)中のタンパク質の同定にその方法を適用し,標識/無標識試料と無標識細胞試料中の7300~8500種と8956種のタンパク質の同定をそれぞれもたらした。本法の性能を等電点電気泳動(IEF)-ナノ-LC-MS/MSと既報の方法の性能と比べ,オフライン高pHのRPF-ナノ-LC-MS/MS法が,同定されるタンパク質の数と全体的なプロテオームプロファイル化のために必要な分析時間の点からすぐれることが判明した。RPF-ナノ-LC-MS/MS法は,少々の試料(150μg)からより多くのタンパク質をそれぞれの細胞株に対する23.4~35.1%の平均配列包括度で同定した。したがって,RPF-ナノ-LC-MS/MS法は,多重細胞株のプロテオーム包括度を改良するための有効な代替手段である。Copyright 2014 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *pH依存性 ,  オフラインシステム ,  *LC-MS分析 ,  *タンデム質量分析 ,  解析 ,  時間 ,  *分取 ,  *逆相HPLC ,  濃縮 ,  定量分析 ,  精度 ,  最適化 ,  再現性 ,  相関係数 ,  HepG2細胞 ,  腫瘍細胞 ,  培養細胞 ,  酵母 ,  比較試験
準シソーラス用語： 293T細胞 ,  *LC/MS/MS ,  Pearson相関係数 ,  U2OS細胞 ,  ナノ液体クロマトグラフィー ,  パラメータ最適化 ,  プロテオーム研究 ,  蛋白質プロファイリング ,  *蛋白質分画 ,  分析時間

分類 (3件)： 有機化合物の各種分析  (CC08034J) ,  クロマトグラフィー,電気泳動  (CC01050S) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

引用文献 (42件)：

• A.S. Essader, B.J. Cargile, J.L. Bundy, J.L. Stephenson Jr., Proteomics 5 (2005) 24-34.
• N.C. Hubner, S. Ren, M. Mann, Proteomics 8 (2008) 4862-4872.
• C. Jurgen, M. Mann, Nat. Biotechnol. 26 (2008) 1367-1372.
• P.E. Michel, F. Reymond, I.L. Arnaud, J. Josserand, H.H. Girault, J.S. Rossier, Electrophoresis 24 (2003) 3-11.
• P. Hörth, C.A. Miller, T. Preckel, C. Wenz, Mol. Cell. Proteomics 5 (2006) 1968-1974.

タイトルに関連する用語 (8件)： 細胞株 ,  プロテオーム ,  プロファイル ,  オフライン ,  pH ,  逆相 ,  分画 ,  液体クロマトグラフィー-質量分析