文献

J-GLOBAL ID：201402251693251634   整理番号：14A1102881

宿主特異的大腸菌(Escherichia coli)遺伝子マーカーを使用した次世代シークエンシング技術による水における糞便源追跡

Fecal Source Tracking in Water by Next-Generation Sequencing Technologies Using Host-Specific Escherichia coli Genetic Markers

著者 (4件)： GOMI Ryota (Kyoto Univ., Kyoto, JPN) ,  MATSUDA Tomonari (Kyoto Univ., Kyoto, JPN) ,  MATSUI Yasuto (Kyoto Univ., Kyoto, JPN) ,  YONEDA Minoru (Kyoto Univ., Kyoto, JPN)
資料名： Environmental Science & Technology  (Environmental Science & Technology)
巻： 48  号： 16  ページ： 9616-9623  発行年： 2014年08月19日 
JST資料番号： B0839A  ISSN： 0013-936X  CODEN： ESTHA  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 大腸菌(Escherichia coli)は糞便汚染の指標として使用されているが,ライブラリーに属さない細菌源の追跡には不十分である。ヒト,ウシ,ブタ,ニワトリなど既知の発生源から単離した22種のE.coliをシークエンシングして,宿主特異的ゲノム領域を特定した。各発生源から特定した30種のマーカーを使用して宿主特異的ゲノム領域を検証し,ヒトで4種,ウシで2種,ブタで3種,ニワトリで4種の特異的遺伝子マーカーが発生源追跡に使用できることを示した。多重PCRおよび二次元インデックスシークエンシングの組み合わせが複数の遺伝子マーカーを一度に決定するのに有効であることを見出した。この手法により,日本の大和川から単離した549のE.coliで遺伝子マーカーを特定した。地理的に特異的な動物宿主も含める必要があることを示した。

シソーラス用語： *水質試験 ,  *大腸菌群 ,  汚染源 ,  種差 ,  バイオマーカー ,  *ヌクレオチド配列 ,  追跡 ,  PCR法 ,  二次元 ,  ヒト ,  ウシ ,  ブタ ,  ニワトリ ,  河川 ,  菌数計測 ,  細菌検査 ,  微生物汚染
準シソーラス用語： 遺伝子マーカ ,  *次世代シークエンシング ,  宿主特異性 ,  大和川 ,  地理的変異 ,  発生源 ,  *発生源解析 ,  微生物源追跡 ,  *糞便性大腸菌群

分類 (2件)： 水質調査測定一般  (SB02060X) ,  微生物検査法  (EG02020G)

タイトルに関連する用語 (8件)： 宿主 ,  大腸菌 ,  Escherichia ,  遺伝子マーカー ,  次世代シークエンシング ,  水 ,  糞便 ,  追跡