特許

J-GLOBAL ID：201403046044497650

トランスクリプトームを用いた、発現変動遺伝子抽出又はパスウェイ解析にかける実験区の選定方法

発明者： 緒方 法親 ,  古崎 利紀 ,  岩淵 喜久男
出願人/特許権者： 緒方 法親 ,  国立大学法人東京農工大学
代理人 (1件)： 特許業務法人ウィンテック
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2012-224598
公開番号（公開出願番号）：特開2014-075995
出願日： 2012年10月09日
公開日（公表日）： 2014年05月01日
要約：

【課題】任意の実験区から得られたトランスクリプトームデータについて、DEG抽出やパスウェイ解析にかけるべき対象かどうかを客観的な基準で判断するための方法を提供すること。【解決手段】トランスクリプトームデータから得られる各遺伝子の発現量Pik及び下記式(I)又は(II)に基づいて算出されるHk又はSkの値を用いて、実験区を選定する。 (I):Sk = Σ(Pik-a) 但し、Pik<aの場合を除く ここで、aは、0.00001<a<0.1を満たす定数 (II):Hk = -Σ(Pik・logPik) 但し、Pik=0の場合を除く【選択図】図2

請求項（抜粋）：

発現変動遺伝子抽出又はパスウェイ解析にかける実験区の選定方法であって、 (1)トランスクリプトームデータから各遺伝子の発現量Pikを算出する工程と、 (2)下記式(I)に基づいてSkの値を算出する工程と、 (I):Sk = Σ(Pik-a) 但し、Pik<aの場合を除く ここで、aは、0.00001<a<0.1を満たす定数 (3)Skの値を用いて発現変動遺伝子抽出又はパスウェイ解析にかける実験区を選定する工程と、 を備えることを特徴とする選定方法。

IPC (2件)：

C12N 15/09 ,  C12Q 1/68

FI (2件)：

C12N15/00 A ,  C12Q1/68 A

Fターム (13件)：

4B024AA20 ,  4B024CA12 ,  4B024HA14 ,  4B024HA20 ,  4B063QA20 ,  4B063QQ05 ,  4B063QQ53 ,  4B063QR36 ,  4B063QR55 ,  4B063QR74 ,  4B063QS34 ,  4B063QS39 ,  4B063QX01

引用特許：

審査官引用 (1件)

• 関節リウマチに関与するタンパク質の解析方法及び該疾患の検査方法
  公報種別：公開公報   出願番号：特願2010-256401   出願人：国立大学法人愛媛大学, 公立大学法人横浜市立大学, 国立大学法人東京大学

引用文献：

審査官引用 (3件)

• Genomics, 2004年, Vol.83, No.1, p.45-58
• BMC Bioinformatics, 2006年, Vol.7, No.294, p.1-9
• Clin. Lab. Med., 2008年, Vol.28, No.1, p.127-143