資源
J-GLOBAL ID:201410065709372600   研究資源コード:NBDC00720 更新日:2019年04月14日

tRNADB-CE: tRNA gene database curated manually by experts

tRNADB-CE: tRNA gene database curated manually by experts
保有機関:
資源分類: データ・データベース
タグ【対象】 (2件): ゲノム/遺伝子 ,  RNA
タグ【データの種類】 (1件): 配列
生物種 (3件): Bacteria (NCBI Taxonomy ID: 2) ,  Archaea (NCBI Taxonomy ID: 2157) ,  Viruses (NCBI Taxonomy ID: 10239)
概要:
3種類のtRNA遺伝子予測プログラム(tRNAScan-SE、Aragorn、tRNAfinder)を用いて、塩基配列の解読された原核生物や真核生物のゲノムからtRNA遺伝子の網羅的検索を行い、その結果を収録しています。プログラム間で予測結果が一致しない場合にはエキスパートが手作業で精査しています。生物種ごとにコドン使用頻度とtRNA遺伝子数との関係を閲覧することができ、メジャーisoaccepting tRNAが解読するコドン(適合コドン)やマイナーtRNAが解読するコドン(不適合コドン)を調べることができます。
作成機関: NBDC
レコード管理者: Integbio Database Catalog
本レコードの利用条件: Creative Commons CC0 license

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