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J-GLOBAL ID：201502220741454920   整理番号：15A1152646

DInaMoの紹介 古典的な電磁気理論を用いたタンパク質円二色性の計算のためのパッケージ

Introducing DInaMo: A Package for Calculating Protein Circular Dichroism Using Classical Electromagnetic Theory

著者 (11件)： UPOROV Igor V. (Univ. North Dakota, ND, USA) ,  UPOROV Igor V. (M. V. Lomonosov Moscow State Univ., Moscow, RUS) ,  FORLEMU Neville Y. (Univ. North Dakota, ND, USA) ,  FORLEMU Neville Y. (Univ. Center Lane, GA, USA) ,  NORI Rahul (Univ. North Dakota, ND, USA) ,  ALEKSANDROV Tsvetan (Univ. North Dakota, ND, USA) ,  SANGO Boris A. (Univ. North Dakota, ND, USA) ,  MBOTE Yvonne E. Bongfen (Univ. North Dakota, ND, USA) ,  MBOTE Yvonne E. Bongfen (Oklahoma Baptist Univ., OK, USA) ,  POTHUGANTI Sandeep (Univ. North Dakota, ND, USA) ,  THOMASSON Kathryn A. (Univ. North Dakota, ND, USA)
資料名： International Journal of Molecular Sciences (Web)  (International Journal of Molecular Sciences (Web))
巻： 16  号： 9  ページ： 21237-21276 (WEB ONLY)  発行年： 2015年09月 
JST資料番号： U7038A  ISSN： 1422-0067  CODEN： IJMCFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 双極子相互作用モデルは,アミドのπ-π^*遷移に起因する円二色性(CD)の計算のための古典的な電磁気理論である。J.Applequistが開拓した理論モデルを,タンパク質処理を可能にするフォートランで書いたパッケージDInaMoへと組み立てた。DInaMoは,分子力学が産み出す構造または再構築された二次構造のProtein Data Bankフォーマットのファイルを読む。結晶構造はDInaMoで直接用いることは出来ない。それらは理想化された結合角および結合長で再構築するか,エネルギーを最小化するよう結合長と結合角を補正する必要がある。なぜなら結晶構造幾何学は僅かに短い結合長を持つのが一般的であり,DInaMoはこれに感受性であるからである。DInaMoは異方性分極率を伴う点へ全てのアミド発色団を,等方性分極率を伴う点へ水素を含む全ての非発色脂肪族原子を縮小する。他の全ての原子は無視する。経験的に導いた分極率を用いた分子の発色部分と非発色部分の間の相互作用を測定するため,回転強度と双極子強度を決定し,これはCDの計算に至る。24のタンパク質に関する理論計算は実験と合致し,似た形態と極大のバンドを示す。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *数学モデル ,  *円偏光二色性 ,  FORTRAN ,  プログラムパッケージ ,  タンパク質 ,  *二次構造 ,  リゾチーム ,  ペプチダーゼ ,  ヘリックス構造 ,  β構造 ,  外膜タンパク質 ,  相関係数
準シソーラス用語： *双極子相互作用モデル ,  *遠紫外円偏光二色性 ,  DInaMo ,  *蛋白質二次構造 ,  ロンボイドペプチダーゼ ,  αヘリックス ,  OPCA ,  外膜蛋白質G ,  クラムビン ,  Spearmanの順位相関係数

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (6件)： 電磁気 ,  理論 ,  タンパク質 ,  円二色性 ,  計算 ,  パッケージ