IV型制限酵素のGmrSDファミリーにおける系統ゲノミクスおよび配列-構造-機能相関

MACHNICKA Magdalena A.; KAMINSKA Katarzyna H.; DUNIN-HORKAWICZ Stanislaw; BUJNICKI Janusz M.; BUJNICKI Janusz M.

文献

J-GLOBAL ID：201502221063498250 整理番号：15A1320147

IV型制限酵素のGmrSDファミリーにおける系統ゲノミクスおよび配列-構造-機能相関

Phylogenomics and sequence-structure-function relationships in the GmrSD family of Type IV restriction enzymes

出版者サイト複写サービスで全文入手 {{ this.onShowCLink("http://jdream3.com/copy/?sid=JGLOBAL&noSystem=1&documentNoArray=15A1320147&COPY=1") }}
高度な検索・分析はJDreamⅢで {{ this.onShowJLink("http://jdream3.com/lp/jglobal/index.html?docNo=15A1320147&from=J-GLOBAL&jstjournalNo=U7025A") }}

著者 (5件)： , , , ,
資料名：
巻： 16 号： Oct ページ： 16:336 (WEB ONLY) 発行年： 2015年10月
JST資料番号： U7025A ISSN： 1471-2105 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：イギリス (GBR) 言語：英語 (EN)

[背景]GmrSDは,グルコシル化ヒドロキシメチルシトシン(glc-HMC)修飾DNAを特異的に狙って切断する修飾依存的制限エンドヌクレアーゼである。それは2つの分離した単一ドメイン蛋白質であるGmrSとGmrD,あるいは両ドメインを持つ単一蛋白質のいずれかとしてコードされている。過去の研究は,GmrSがエンドヌクレアーゼおよびNTPアーゼとして作用する一方で,GmrDがDNAに結合することを示唆した。[方法]本研究において,GmrSD制限エンドヌクレアーゼファミリーにおける配列-構造-機能相関を研究するために,相同性検出,配列保存解析,フォールド認識および相同性モデリング法を適用した。本ファミリーメンバーの系統学的およびゲノム文脈も解析した。[結果]本比較ゲノミクス研究の結果は,GmrSがNTPアーゼとヌクレアーゼの活性の双方を持つことができるParB/Srxフォールドの蛋白質に類似性を示すことを明らかにした。過去の研究とは対照的であるものの,GmrDがHNHエンドヌクレアーゼモチーフを含むことを発見したことから,GmrDにもヌクレアーゼ活性があるとした。両ドメインの構造と機能におそらく重要と思われる残基を明らかにした。加えて,GmrSD系がヘテロ二量体よりも融合した二重ドメイン形式で存在し,それらのホモログがしばしば防御と遺伝子可動性関連の要素に富んだ領域にコードされていることを発見した。最後に,GmrSとGmrDドメインの系統学的再構築は,それらが共進化し,少数のGmrSD系のみが遠縁のGmrSとGmrDの構成要素から組み立てられたらしいことを明らかにした。[結論]本研究は,IV型制限酵素のまだほとんど特徴付けられていないファミリーの配列-構造-機能相関に関する洞察を提供する。比較ゲノミクスは,GmrSD酵素の機能におけるGmrDドメインの可能性のある役割,およびGmrSとGmrDドメイン双方の可能性のある活性部位を提出することを可能にした。本結果はこれら酵素のさらなる実験的特徴付けを案内できる。(翻訳著者抄録)

, , , , , , , , , , , , ,
, , , , , , ,

分子・遺伝情報処理 , 分子構造 , 酵素一般 , 進化論一般

, , , ,

前のページに戻る