文献

J-GLOBAL ID：201502263849559753   整理番号：15A0725866

塩基配列の全対比較のための枝刈りによるSmith-Watermanアルゴリズムの高速化

Accelerating the Smith-Waterman Algorithm with a Pruning Method for All-Pairs Comparison of Base Sequences

著者 (3件)： 岡田大輝 (大阪大 大学院情報科学研究科) ,  伊野文彦 (大阪大 大学院情報科学研究科) ,  萩原兼一 (大阪大 大学院情報科学研究科)
資料名： 情報処理学会研究報告(Web)  (IPSJ Technical Report (Web))
巻： 2014  号： BIO-40  ページ： VOL.2014-BIO-40,NO.3 (WEB ONLY)  発行年： 2014年12月11日 
JST資料番号： U0451A  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： 日本 (JPN)  言語： 日本語 (JA)

抄録/ポイント： 塩基配列の全対比較とは,複数本の配列に対し,それらの重複なし...

シソーラス用語： *配列相同性 ,...
準シソーラス用語： *塩基配列ホモロジー ,...

ログイン（無料）して見る     続きはJDreamIII（有料）にて  {{ this.onShowAbsJLink("http://jdream3.com/lp/jglobal/index.html?docNo=15A0725866&from=J-GLOBAL&jstjournalNo=U0451A") }}

分類 (3件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  システムプログラミング一般  (JD03010Y) ,  専用演算制御装置  (JC04030Y)

引用文献 (14件)：

• Smith, T. F. and Waterman, M. S.: Identification of Common Molecular Subsequences, J. Molecular Biology, Vol. 147, No. 1, pp. 195-197 (1981).
• Li, I. T., Shum, W. and Truong, K.: 160-fold acceleration of the Smith-Waterman algorithm using a field programmable gate array (FPGA), BMC Bioinformatics, Vol. 8, No. 185 (2007). 7 pages.
• Liu, Y. and Schmidt, B.: SWAPHI: Smith-Waterman Protein Database Search on Xeon Phi Coprocessors, Proc. 25th IEEE Int'l Conf. Application-specific Systems, Architectures and Processors (ASAP'14), pp.184-185 (2014).
• Lindholm, E., Nickolls, J., Oberman, S. and Montrym, J.: NVIDIA Tesla: A Unified Graphics and Computing Architecture, IEEE Micro, Vol. 28, No. 2, pp. 39-55 (2008).
• de O. Sandes, E. F. and de Melo, A. C. M. A.: CUDAlign: Using GPU to Accelerate the Comparison of Megabase Genomic Sequences, Proc. 15th ACM SIGPLAN Symp. Principles and Practice of Parallel Programming (PPoPP'10), pp. 137-146 (2010).

タイトルに関連する用語 (4件)： 塩基配列 ,  枝刈り ,  Smith-Watermanアルゴリズム ,  高速化