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J-GLOBAL ID：201502298837444797   整理番号：15A0653213

中性子結晶学に従うビリンリダクターゼPcyAのプロトン移動機構への洞察

Insights into the Proton Transfer Mechanism of a Bilin Reductase PcyA Following Neutron Crystallography

著者 (24件)： UNNO Masaki (Ibaraki Univ., Naka, JPN) ,  UNNO Masaki (Ibaraki Univ., Hitachi, JPN) ,  ISHIKAWA-SUTO Kumiko (Ibaraki Univ., Naka, JPN) ,  ISHIKAWA-SUTO Kumiko (Ibaraki Univ., Hitachi, JPN) ,  ISHIKAWA-SUTO Kumiko (Japan Atomic Energy Agency, Naka, JPN) ,  KUSAKA Katsuhiro (Ibaraki Univ., Naka, JPN) ,  TAMADA Taro (Japan Atomic Energy Agency, Naka, JPN) ,  HAGIWARA Yoshinori (Osaka Univ., Toyonaka, JPN) ,  HAGIWARA Yoshinori (Kurume Coll., Kurume, JPN) ,  SUGISHIMA Masakazu (Kurume Univ. School of Medicine, Kurume, JPN) ,  WADA Kei (Univ. Miyazaki, Kiyotake, JPN) ,  YAMADA Taro (Ibaraki Univ., Naka, JPN) ,  TOMOYORI Katsuaki (Ibaraki Univ., Naka, JPN) ,  TOMOYORI Katsuaki (Japan Atomic Energy Agency, Naka, JPN) ,  HOSOYA Takaaki (Ibaraki Univ., Naka, JPN) ,  HOSOYA Takaaki (Ibaraki Univ., Hitachi, JPN) ,  TANAKA Ichiro (Ibaraki Univ., Naka, JPN) ,  TANAKA Ichiro (Ibaraki Univ., Hitachi, JPN) ,  NIIMURA Nobuo (Ibaraki Univ., Naka, JPN) ,  KUROKI Ryota (Japan Atomic Energy Agency, Naka, JPN) ,  INAKA Koji (MARUWA Foods and Biosciences Inc., Yamatokoriyama, JPN) ,  ISHIHARA Makiko (Ibaraki Univ., Naka, JPN) ,  FUKUYAMA Keiichi (Osaka Univ., Toyonaka, JPN) ,  FUKUYAMA Keiichi (Osaka Univ., Suita, JPN)
資料名： Journal of the American Chemical Society  (Journal of the American Chemical Society)
巻： 137  号： 16  ページ： 5452-5460  発行年： 2015年04月29日 
JST資料番号： C0254A  ISSN： 0002-7863  CODEN： JACSAT  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ビリンリダクターゼPcyAとビリベルディンIXα(BV)複合体の巨大結晶を調製し,重水素原子との交換による中性子散乱データの変化を調べた。中性子散乱からの構造は凍結X線構造からのPcyA-BV(PDB ID:2D1E)に最少二乗法で11-240残基が一致し,Glu76が触媒作用に重要で,BV D環のエキソビニル基と不利な接近接触を有するコンホメーションだった。BVのプロトン化はA及びD環のピロールの重水素占有は1.0で,D環の重水素はAsp105と水素結合を形成した。Asp105はD環ラクタムOと水素結合を形成する2つのコンホマーを示し,プロトン化の有無の違いがあった。His88,His74のNεのプロトン化ではHis88がBVのA環に向かって傾き,プロトンがHis88からO1へ移動することを示した。His88に近いヒドロニウムイオンはHis74に水素結合し,His74Nεはプロトン化するが,Nδはせず,両Hisは水分子の保持に重要だった。BVのD環ビニル基に隣接してGlu76が存在し,Glu76のコンホメーションは1種であるが,側鎖が柔軟で,回転,伸縮振動を示した。いくつかのBVH⁺はすでに電子やプロトンを受容しているが,Glu76が最初のプロトン供与体であることも示し,D環ビニル基と連結していた。

シソーラス用語： *レダクターゼ ,  *プロトン移動 ,  酵素反応機構 ,  *中性子回折 ,  結晶構造解析 ,  プロトン化 ,  重水素 ,  水素結合 ,  立体配座 ,  酵素基質複合体 ,  ラクタム ,  ビニル化合物 ,  ジカルボン酸
準シソーラス用語： *PcyA ,  *ビリンレダクターゼ

分類 (1件)： 酵素一般  (EB09010D)

物質索引 (1件)： ビリベルジンIXα

タイトルに関連する用語 (4件)： 中性子 ,  結晶学 ,  プロトン移動 ,  洞察