特許
J-GLOBAL ID：201503006565308116
病原体の同定のための標的全ゲノム増幅方法
発明者：
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出願人/特許権者：
代理人 (1件)：
特許業務法人川口國際特許事務所
公報種別：特許公報
出願番号（国際出願番号）：特願2013-239225
公開番号（公開出願番号）：特開2014-057597
特許番号：特許第5816674号
出願日： 2013年11月19日
公開日（公表日）： 2014年04月03日
請求項（抜粋）：
【請求項1】 複数の標的全ゲノム増幅プライマを使用して、少なくとも1つの病原体ゲノムおよび少なくとも1つのバックグラウンドゲノム(background genome)を含むと考えられる試料から少なくとも1つの病原体ゲノムを増幅し、それによって、該少なくとも1つのバックグラウンドゲノムに相当する核酸の量に対して、該少なくとも1つの病原体ゲノムに相当する核酸の量を増加させる段階であって、
該複数の標的全ゲノム増幅プライマが、下記段階(i)〜(ix):
i.少なくとも1つの病原体ゲノムを同定する段階、
ii.少なくとも1つのバックグラウンドゲノムを同定する段階、
iii.該病原体ゲノム配列内に固有の配列を有する複数のゲノム配列セグメントを同定する段階、
iv.該病原体ゲノム配列内の該複数のゲノム配列セグメントのメンバーの出現頻度を決定し、かつバックグラウンドゲノム配列内の該複数のゲノム配列セグメントの出現頻度を決定する段階、
v.該病原体ゲノム配列内の該出現頻度を、該バックグラウンドゲノム配列内の該複数のゲノム配列セグメントの該出現頻度で除算することによって、該メンバーの選択性比率を計算する段階、
vi.選択性比率閾値を選択し、それによって、該選択性比率閾値と同じかまたはそれ以上の選択性比率を有する該複数のゲノム配列セグメントの第1のサブセットを定義する段階、
vii.該第1のサブセットのゲノム配列セグメント間に出現する病原体ゲノム配列の長さを決定する段階、
viii.該第1のサブセットから、第2のサブセットのゲノム配列セグメントを選択する段階であって、該第2のサブセットのメンバーは、選択された核酸塩基長未満の平均分離距離を有する段階、および
ix.全ゲノム増幅条件下で、該少なくとも1つの病原体ゲノムが、該少なくとも1つのバックグラウンドゲノムよりも選択的に増幅されるように、該第2のサブセットのゲノム配列セグメントのメンバーとハイブリダイズする標的全ゲノム増幅プライマを選択する段階
を実施することにより選択される段階を含み、
1つまたは複数のプライマ対を使用して該増幅された病原体ゲノムからバイオエージェントを同定する単位複製配列に相当する1つまたは複数の増幅産物を産生する段階をさらに含み、
分子量から該増幅産物の塩基組成を計算する段階であって、塩基組成が、増幅産物における核酸塩基A、核酸塩基C、核酸塩基Gおよび核酸塩基Tを正確な数で表す段階をさらに含み、ならびに
該プライマ対により産生された病原体のバイオエージェントを同定する単位複製配列の塩基組成を含むデータベースと比較し、該試料中の前記病原体を同定する段階をさらに含む、方法。
IPC (2件)：
C12N 15/09 ( 200 6.01)
, C12Q 1/68 ( 200 6.01)
C12N 15/00 ZNA A
, C12Q 1/68 A
出願人引用 (2件)
審査官引用 (1件)
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核酸増幅
公報種別：公表公報
出願番号：特願2005-510007
出願人：キアゲンゲゼルシャフトミットベシュレンクテルハフツング
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