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J-GLOBAL ID：201602206711183897   整理番号：16A0100042

MetCap:大規模標的化メタゲノミクスのための生物情報学的プローブ設計パイプライン

MetCap: a bioinformatics probe design pipeline for large-scale targeted metagenomics

著者 (5件)： KUSHWAHA Sandeep K (Lund Univ.) ,  MANOHARAN Lokeshwaran (Lund Univ.) ,  MEERUPATI Tejashwari (Lund Univ.) ,  HEDLUND Katarina (Lund Univ.) ,  AHREN Dag (Lund Univ.)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 16  号： Feb  ページ： 16:65 (WEB ONLY)  発行年： 2015年02月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： [背景]異なる環境からの遺伝子の大量シークエンシングは,微生物多様性の理解を高めるメタゲノミクス,および生態学的過程の駆動におけるそれらの役割を発達させた。コスト減少およびハイスループットシークエンシングは,大規模プロジェクトがより広いグループの研究者に利用できるようにするが,完全なメタゲノムシーケンシングはシーケンシングおよび下流生物情報学的分析の点でいまだ困難なタスクである。標的化アンプリコンシークエンシングといった代替的アプローチは,カスタムPCRプライマー生成を必要とし,数千の遺伝子あるいは遺伝子ファミリーに対してスケーラブルではない。[結果]本研究において,大規模標的化メタゲノミクスシークエンシング研究に適したプローブを設計することで,複数遺伝子のアンプリコンシークエンシングの制限を回避する,MetCapと呼ばれるウェブベースのツールを提出する。MetCapは,標的化メタゲノミクス研究において利用できる,数千の遺伝子およびゲノム領域を標的とする新規アプローチを提供する。ユーザに定義された配列の自動分析を実行し,メタゲノム研究のために設計されたプローブを生成する。標的化メタゲノムアプローチの利点を描写するために,炭素分解に関連した400000の公的に利用できる配列以上と一致する,300000より多いプローブを生成した。本結果は,大半の遺伝子ファミリーを成功裏に捕捉し,標的遺伝子の高い濃縮を示す。MetCapはユーザーに対してhttp://soilecology.biol.lu.se/metcap/から無料で利用できる。[結論]MetCapは,メタゲノムの大規模調査のための複雑なプライマーベースの濃縮と比較して,簡単かつ効率的な代替的ツールとしてプローブベースの標的濃縮を促進する。本結果は,土壌メタゲノムに対するMetCapで設計されたプローブを通じた,効率的な大規模標的濃縮を明らかにした。全てのウェブサービスは,複数の遺伝子を同時に研究することを目的とする,全ての標的化メタゲノミクスプロジェクトに適している。ウェブサービスによって取られる新規生物情報学的アプローチは,微生物生態学における研究者が,全メタゲノムシーケンシングに対する費用効果がある代替法としての標的化メタゲノミクスを用いて,微生物コミュニティの多大の多様性を利用することを可能にする。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： 大規模 ,  ターゲティング ,  *遺伝学 ,  *情報科学 ,  *生物学 ,  *プローブ ,  パイプライン処理 ,  遺伝子 ,  生態学 ,  土壌微生物 ,  ゲノム ,  遺伝学実験技術 ,  システム ,  *情報処理
準シソーラス用語： DNAシークエンシング ,  Webベースシステム ,  *メタゲノミクス ,  メタゲノム ,  *遺伝子情報処理 ,  機能遺伝子 ,  *生物情報学 ,  微生物生態学 ,  標的遺伝子 ,  標的化

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (7件)： 大規模 ,  標的化 ,  メタゲノミクス ,  生物情報学 ,  プローブ ,  設計 ,  パイプライン