相関研究のために新たに設計された大規模ブドウ(Vitis vinifera L)多様性パネルの遺伝的多様性,連鎖不平衡および力

NICOLAS Stephane D.; NICOLAS Stephane D.; PEROS Jean-Pierre; LACOMBE Thierry; LAUNAY Amandine; LE PASLIER Marie-Christine; BERARD Aurelie; MANGIN Brigitte; VALIERE Sophie; MARTINS Frederic; MARTINS Frederic; LE CUNFF Loiec; LAUCOU Valerie; BACILIERI Roberto; DEREEPER Alexis; DEREEPER Alexis; CHATELET Philippe; THIS Patrice; DOLIGEZ Agnes

文献

J-GLOBAL ID：201602209161832484 整理番号：16A0359253

相関研究のために新たに設計された大規模ブドウ(Vitis vinifera L)多様性パネルの遺伝的多様性,連鎖不平衡および力

Genetic diversity, linkage disequilibrium and power of a large grapevine (Vitis vinifera L) diversity panel newly designed for association studies

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著者 (19件)： , , , , , , , , , , , , , , , , , ,
資料名：
巻： 16 号： Mar ページ： 16:74 (WEB ONLY) 発行年： 2016年03月
JST資料番号： U7027A ISSN： 1471-2229 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：イギリス (GBR) 言語：英語 (EN)

[背景]ほとんど殺虫剤を必要とせず,気候変化に適応した,新規の高品質ブドウ変種が必要とされている。多年生種における育種は,農学的特性変化に関連付けられた量的形質遺伝子座に関する知識を得ることで加速できる,長いプロセスである。これら種の長い幼齢期のために,高解像度のマッピングのために多数の高度な組換え集団を確立するのは,高価かつ時間がかかる。生殖質パネルにおけるゲノムワイド相関研究は,それが栽培品種間の過去の組換えイベントを利用することで,高解像度での量的形質遺伝子座の特定を可能にすることから,一般的に好まれる代替法である。そのような研究は,利用できる遺伝的および表現型多様性のほとんどを表すための,適切なパネル設計を必要とする。連鎖不平衡の程度およびパネルの力を評価することは,相関研究に必要とされるマーカー密度を決定することにも必要である。[結果]バサル(フランス)において整備された世界最大のブドウコレクションから始めて,異なる利用(テーブル対ワイン)および地理学的起源(東対西)を由来とする3つの遺伝子プールにおける低い構造化を反映し,現代の栽培品種の主要な始祖を含む,制限された関連性を有する279の栽培品種の多様性パネルを設計した。20個の単純反復配列マーカーおよび5つの量的形質を用いて,このパネルが全バサルコレクション内に存在するほとんどの遺伝的および表現型多様性を適切に捕獲することを明らかにした。連鎖不平衡の程度およびパネルの力を評価するために,一塩基多型を遺伝子型判定した:4つのゲノム領域に対して372個および全ゲノムに対して分布した129個。血縁に関して補正された相関性によって測定された連鎖不平衡は,遺伝子プールおよびゲノム領域に依存し,連鎖不平衡ブロックのサイズの変化に伴って,9および452Kbの間の物理距離に対して0.2に達した。本パネルは高い広義の遺伝率(>0.7)を持つ特性と中程度の対立遺伝子頻度および協力な効果(全変動の>10%を説明する)を持つ原因遺伝子座の間の関連性を検出するための妥当な力を達成した。[結論]本関連性パネルは,ブドウにおける遺伝子関連研究のための新規で高い価値のリソースを構成し,多くの農学的特性の遺伝子調節およびそれらの環境との相互作用に関するより深い洞察を得るための多様な野外および温室試験への普及に値する。(翻訳著者抄録)

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集団遺伝学 , 植物生理学一般

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