文献

J-GLOBAL ID：201602241957656994   整理番号：16A1271582

ニンジンゲノム:ニンジンゲノムの高品質のアセンブリが,カロテノイド蓄積とキク類のゲノム進化解明に新たな手掛かりを与える

A high-quality carrot genome assembly provides new insights into carotenoid accumulation and asterid genome evolution

著者 (25件)： IORIZZO Massimo (Univ. Wisconsin-Madison, Wisconsin, USA) ,  ELLISON Shelby (Univ. Wisconsin-Madison, Wisconsin, USA) ,  SENALIK Douglas (Univ. Wisconsin-Madison, Wisconsin, USA) ,  SATAPOOMIN Pimchanok (Univ. Wisconsin-Madison, Wisconsin, USA) ,  SPOONER David (Univ. Wisconsin-Madison, Wisconsin, USA) ,  SIMON Philipp (Univ. Wisconsin-Madison, Wisconsin, USA) ,  SENALIK Douglas (Agricultural Res. Serv., US Dep. of Agriculture, Wisconsin, USA) ,  SPOONER David (Agricultural Res. Serv., US Dep. of Agriculture, Wisconsin, USA) ,  SIMON Philipp (Agricultural Res. Serv., US Dep. of Agriculture, Wisconsin, USA) ,  ZENG Peng (Beijing Genomics Inst.-Shenzhen, Shenzhen, CHN) ,  HUANG Jiaying (Beijing Genomics Inst.-Shenzhen, Shenzhen, CHN) ,  ZHENG Zhijun (Beijing Genomics Inst.-Shenzhen, Shenzhen, CHN) ,  CHENG Shifeng (Beijing Genomics Inst.-Shenzhen, Shenzhen, CHN) ,  BOWMAN Megan (Michigan State Univ., Michigan, USA) ,  IOVENE Marina (Inst. of Biosciences and Bioresources, National Res. Council, Bari, ITA) ,  SANSEVERINO Walter (Sequentia Biotech, Barcelona, ESP) ,  CAVAGNARO Pablo (Universidad Nacional de Cuyo, Cuyo, ARG) ,  CAVAGNARO Pablo (Estacion Experimental Agropecuaria La Consulta, La Consulta, ARG) ,  YILDIZ Mehtap (Yuzuncu Yil Univ., Van, TUR) ,  MACKO-PODGORNI Alicja (Univ. Agriculture in Krakow, Krakow, POL) ,  MORANSKA Emilia (Univ. Agriculture in Krakow, Krakow, POL) ,  GRZEBELUS Ewa (Univ. Agriculture in Krakow, Krakow, POL) ,  GRZEBELUS Dariusz (Univ. Agriculture in Krakow, Krakow, POL) ,  ASHRAFI Hamid (Univ. California, Davis, California, USA) ,  DEYNZE Allen Van (Univ. California, Davis, California, USA)
資料名： Nature Genetics  (Nature Genetics)
巻： 48  号： 6  ページ： 657-666  発行年： 2016年06月 
JST資料番号： W0430A  ISSN： 1061-4036  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ニンジン(Daucus carota)ゲノムの染色体規模での高品質のアセンブリと解析について報告する。これは,真正キク類II分岐群のメンバー間での最初のゲノム塩基配列決定であり,包括的な進化学的比較解析まで実施した。2つの新規の倍数化イベントの解明を行い,この2つのイベントは両方とも,ニンジンがキク目のメンバーから分岐した後に起きていることが分かり,キク類の2つの主要な分岐群の放散前後の進化的シナリオを明らかにすることができた。大規模ならびに小規模の系統特異的な重複が起こり,開花期,防御反応,芳香,色素蓄積での役割を担うような遺伝子ファミリーの拡散に貢献していた。我々は,ニンジンの主根でのカロテノイド蓄積(Y)を制御する候補遺伝子として,DCAR_032551を同定した。DCAR_032551は,いくつかのイソプレノイド生合成遺伝子と共発現する。ニンジンの主根でのカロテノイド蓄積を制御する一次的な機構は,生合成のレベルではない。我々の考えでは,DCAR_032551が,例えば光形態形成や根の脱黄化といった上流の光合成システムの発生や機能的過程の制御に関係していると仮定する。Copyright Nature Japan KK 2016

シソーラス用語： *ニンジン【セリ科】 ,  *ゲノム ,  組立 ,  *カロチノイド ,  蓄積 ,  染色体 ,  *キク ,  *分子進化 ,  生物分類 ,  系統発生 ,  系統樹 ,  キク目 ,  成長段階 ,  応答 ,  フレーバー ,  根 ,  テルペノイド ,  生合成 ,  光化学系 ,  光形態形成 ,  植物生理
準シソーラス用語： *Daucus carota ,  *真正キク類 ,  *ゲノム進化 ,  クレード ,  開花期 ,  防御応答 ,  主根 ,  イソプレノイド ,  イソプレノイド生合成 ,  脱黄化

分類 (4件)： 植物分類学  (EH01030N) ,  野菜  (FC03043X) ,  進化論一般  (EC03010Q) ,  カロチノイド,その他のテルペノイド  (CF10025Z)

タイトルに関連する用語 (9件)： ニンジン ,  ゲノム ,  高品質 ,  アセンブリ ,  カロテノイド ,  蓄積 ,  キク ,  ゲノム進化 ,  手掛かり