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J-GLOBAL ID：201602248502318677   整理番号：16A1114052

CellTree:単一細胞のRNA-seqデータから細胞集団の階層構造を推論するR/bioconductorパッケージ

CellTree: an R/bioconductor package to infer the hierarchical structure of cell populations from single-cell RNA-seq data

著者 (8件)： DUVERLE David A. (Univ. Tokyo) ,  DUVERLE David A. (National Inst. of Advanced Industrial Sci. and Technol.) ,  YOTSUKURA Sohiya (Kyoto Univ.) ,  NOMURA Seitaro (Univ. Tokyo) ,  ABURATANI Hiroyuki (Univ. Tokyo) ,  TSUDA Koji (Univ. Tokyo) ,  TSUDA Koji (National Inst. for Materials Sci.) ,  TSUDA Koji (National Inst. of Advanced Industrial Sci. and Technol.)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 17  号： Sept  ページ： 17:363 (WEB ONLY)  発行年： 2016年09月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:単一細胞RNAシークエンシングは,遺伝子発現測定のための標準的な方法の1つとなっており,細胞プロセスに独自の洞察を提供している。一般的な次元削減技術に基づく多くの方法が,単細胞発現レベルからの細胞集団の基礎構造を推測し可視化するのに役立つと示唆されているが,それらのモデルは一般に適切な生物学的根拠を欠いており,複雑な分化経路を同定する上で困難な課題を抱えている。結果:今回著者らは,生物学的洞察を提供できる潜在的な遺伝子群を同定しながら,単一細胞試料間の階層関係を概説する樹木構造を生成するために,文書解析技術に基づく新規の統計的アプローチを用いるR/Bioconductorパッケージである「cellTree」を紹介する。結論:「cellTree」により,実験者は,統計的および生物学的に健全なアルゴリズムに基づいた使いやすいツールを使用して,単一細胞RNAデータを効率的に探索して視覚化することができる。「cellTreeパッケージは,オンラインのBionconductorリポジトリ(http://bioconductor.org/packages/cellTree/)で公開されている。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *遺伝学実験技術 ,  *オントロジー ,  プログラミング言語 ,  プログラムパッケージ ,  遺伝子発現 ,  情報科学 ,  生物学 ,  凝集体
準シソーラス用語： *RNA配列解析 ,  遺伝子オントロジー ,  Rパッケージ ,  バイオインフォマティクス ,  細胞集団

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝学研究法  (EC01020N)

タイトルに関連する用語 (6件)： 単一細胞 ,  RNA-seq ,  細胞集団 ,  階層構造 ,  推論 ,  パッケージ