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J-GLOBAL ID：201602277629850366   整理番号：16A1349598

日本の沖縄において全葉緑体ゲノム配列およびそのバイオ多様性を使用して評価したシークワシャー(Citrus depressa Hayata)の複数系統関係

Multi-lineages of Shiikuwasha (Citrus depressa Hayata) evaluated by using whole chloroplast genome sequences and its bio-diversity in Okinawa, Japan

著者 (6件)： Ishikawa Ryuji (Faculty of Agriculture and Life Science, Hirosaki University) ,  Badenoch Nathan (Center for Southeast Asian Studies, Kyoto University) ,  Miyagi Kunimasa (Association of Shishigaki Network) ,  Medoruma Kaname (Okinawa prefectural Chubu Agricultural Development Center, Department of Agriculture, Forestry and Fisheries, Okinawa Prefecture) ,  Osada Toshiki (Research Institute of Humanity and Nature) ,  Onishi Masayuki (Research Center for Knowledge Science in Cultural Heritage, Doshisha University)
資料名： Breeding Science  (Breeding Science)
巻： 66  号： 4  ページ： 490-498(J-STAGE)  発行年： 2016年 
JST資料番号： Y0311B  ISSN： 1344-7610  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 日本 (JPN)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： シークワシャーCitrus depressa Hayata)は,日本列島の南西部から台湾まで分布する。本研究で,オレンジ(C.sinensis(L.)Osbeck)葉緑体ゲノムに対する再配列を,日本の沖縄Oku地域での1つの優れた在来種のシークワシャー栽培品種に適用した。在来種の葉緑体ゲノムが,160,118bpを構成し,参照ゲノムに対して48インデルおよび71ヌクレオチド代替種を含むと評価した。推定的葉緑体インデルをその後の実験によって確証し,およびこれらは,他の在来種の間の複数の母系統関係を同定した。オレンジSSRマーカーのいくつかは,他の優れた在来種の遺伝子型同定に利用可能であり,およびそれらの間で区別することができた。これらの分子マーカーを次に,野生および栽培されたシークワシャー系統の間の遺伝子的多様性の評価に適用した。Oku地域を除外して,栽培された個体群は,野生個体群と比較して,その遺伝子的多様性を消失していることを発見した。Oku地域果樹林は,住民の力によって,周辺地域での野生系統より高い遺伝子的多様性さえ維持し,または示した。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *ミカン属 ,  *果物 ,  ヌクレオチド配列 ,  分離育種 ,  遺伝学実験技術 ,  解析 ,  DNA【核酸】 ,  *生物多様性 ,  栽培品種 ,  ゲノム ,  DNAマーカー ,  遺伝子型 ,  *シークワーサー ,  全ゲノム解析 ,  葉緑体DNA ,  葉緑体ゲノム ,  在来品種 ,  *遺伝多様性 ,  マイクロサテライトマーカー
準シソーラス用語： 在来種 ,  *Citrus depressa ,  塩基配列 ,  選抜育種 ,  *遺伝的多様性 ,  SSRマーカー

著者キーワード (5件)： Citrus depressa Hayata ,  Shiikuwasha ,  re-sequencing ,  maternal lineage ,  selection

分類 (2件)： 作物育種一般  (FC02010K) ,  果樹  (FC03042G)

引用文献 (15件)：

• Anderson, E. (1954) Plants, man and life. A. Melrose Ltd., London.
• Bausher, M.G., N.D. Singh, S.-B. Lee, R.K. Jansen and H. Daniell (2006) The complete chloroplast genome sequence of Citrus sinensis (L.) Osbeck var ‘Ridge Pineapple’: organization and phylogenetic relationships to other angiosperms. BMS Plant Biol. 6: 21.
• Cheng, Y., M.C.D. Vicente, H. Meng, W. Guo, N. Tao and X. Deng (2005) A set of primers for analyzing chloroplast DNA diversity in Citrus and relatd genera. Tree Physiol. 25: 661-672.
• Kinjo, H. (2007) About shiikuwasha in South-east archaeopelago. Studia Citologica 17: 137-148.
• Medoruma, K., A. Higa, H. Kinjyo, H. Zukeyama, Y. Awaguni, T. Miyagi, M. Arasaki, H. Inoue, S. Onda, S. Kawano et al. (2011) Characteristics of seedless Citrus depressa, Nakamoto seedless. Bull. Okinawa Pref. Agric. Res. Center 5: 5-10.

タイトルに関連する用語 (8件)： 日本 ,  沖縄 ,  葉緑体ゲノム ,  多様性 ,  評価 ,  シークワシャー ,  Citrus ,  系統関係