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J-GLOBAL ID：201702214684480441   整理番号：17A0891419

アンサンブルドッキングのための共溶媒ベースの分子動力学:新薬の開発につながる蛋白質コンフォメーションを生成するための実用的方法

Cosolvent-Based Molecular Dynamics for Ensemble Docking: Practical Method for Generating Druggable Protein Conformations

著者 (2件)： UEHARA Shota (Kobe Univ., Hyogo, JPN) ,  TANAKA Shigenori (Kobe Univ., Hyogo, JPN)
資料名： Journal of Chemical Information and Modeling  (Journal of Chemical Information and Modeling)
巻： 57  号： 4  ページ： 742-756  発行年： 2017年04月 
JST資料番号： A0294A  ISSN： 1549-9596  CODEN： JCISD8  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： アンサンブルドッキングのために,共溶媒ベースの分子動力学(CMD)シミュレーションを利用する方法を開発した。本方法では,CMDシミュレーションによって蛋白質の動態と,異なるリガンドの結合に応じた結合ポケット残基のコンフォメーション変化をシミュレーションすることで,アンサンブルドッキングとそれを用いた仮想スクリーニング(VS)を行う。ベンゼン,イソプロパノールおよびプリンをプローブとしてプロゲステロン受容体,サイクリン依存性キナーゼ2,NAD依存的蛋白質デアセチラーゼサーチュイン2,ヒト免疫不全ウイルス-1プロテアーゼ,チミジンホスホリラーゼおよび上皮増殖因子受容体の6種の蛋白質に対して本方法を用いたVSを行った。DEKOIS 2.0ライブラリーに含まれる活性分子およびデコイ分子を用いたVSの結果から,CMDシミュレーションによりアンサンブルドッキングが可能であることを確認した。溶媒として純水を用いた場合と比較して,ベンゼンあるいはプリンプローブを使用したときの方が良好なVS結果を得ることができた。CMDシミュレーションはアンサンブルドッキングに適用可能であり,それにより従来法より優れたVSが可能になると結論付けた。

シソーラス用語： *ドッキング ,  *計算機シミュレーション ,  *溶媒 ,  分子動力学 ,  製品開発 ,  *立体配座 ,  *分子間相互作用 ,  結合部位 ,  シミュレーション ,  解析モデル ,  スクリーニング ,  プロゲステロン受容体 ,  サイクリン依存性キナーゼ ,  ADPリボシルトランスフェラーゼ ,  ヒストンデアセチラーゼ ,  タンパク質 ,  アスパラギン酸プロテイナーゼ ,  ウイルスタンパク質 ,  チミジンホスホリラーゼ ,  EGF受容体 ,  *溶媒効果 ,  芳香族炭化水素 ,  脂肪族アルコール ,  窒素複素環化合物
準シソーラス用語： *蛋白質ドッキング ,  ドッキングシミュレーション ,  *共溶媒 ,  *分子動力学シミュレーション ,  新薬開発 ,  *蛋白質立体配座 ,  *蛋白質リガンド相互作用 ,  結合ポケット ,  アンサンブル・シミュレーション ,  仮想スクリーニング ,  サイクリン依存性キナーゼ2 ,  サーチュイン2 ,  HIV-1プロテアーゼ ,  上皮増殖因子受容体

分類 (3件)： 理論生物学一般  (EA02010D) ,  分子構造  (EB03020Y) ,  計算機シミュレーション  (JE11000H)

物質索引 (3件)： ベンゼン ,  イソプロパノール ,  プリン

タイトルに関連する用語 (8件)： アンサンブル ,  ドッキング ,  共溶媒 ,  分子動力学 ,  新薬 ,  開発 ,  蛋白質 ,  コンフォメーション