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J-GLOBAL ID：201702215595977396   整理番号：17A0518064

部位特異的Mg²⁺-RNA力場パラメータの開発:夢か現実か?分子動力学と量子力学シミュレーション併用からのガイドライン

Development of Site-Specific Mg²⁺-RNA Force Field Parameters: A Dream or Reality? Guidelines from Combined Molecular Dynamics and Quantum Mechanics Simulations

著者 (6件)： CASALINO Lorenzo (International School for Advanced Studies (SISSA), Trieste, ITA) ,  PALERMO Giulia (Ecole Polytechnique Federale de Lausanne, Lausanne, CHE) ,  ABDURAKHMONOVA Nodira (International School for Advanced Studies (SISSA), Trieste, ITA) ,  ABDURAKHMONOVA Nodira (Universita degli Studi di Trieste, Trieste, ITA) ,  ROTHLISBERGER Ursula (Ecole Polytechnique Federale de Lausanne, Lausanne, CHE) ,  MAGISTRATO Alessandra (IOM, CNR, Trieste, ITA)
資料名： Journal of Chemical Theory and Computation  (Journal of Chemical Theory and Computation)
巻： 13  号： 1  ページ： 340-352  発行年： 2017年01月 
JST資料番号： W2328A  ISSN： 1549-9618  CODEN： JCTCCE  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 本研究で,相対的パフォーマンスを評価するために5つの異なる非分極性Mg²⁺力場(FF)と併せて,広範な(全~2.5μs,各ラン100/200ns)古典分子動力学シミュレーションに依存する比較研究を報告する。これらのシミュレーションが2つの典型リボザイム,グループIICイントロンとデルタ肝炎ウイルス,について2つのMg²⁺濃度で行われた。さらに,代表的Mg²⁺配位部位(内圏と外圏)のスモールモデルについて密度汎関数理論計算が実施され,内圏と外圏Mg²⁺配位部位で起こる電子的効果の系統的特性決定を提供した。これらの計算は異なるRNAモチーフへのMg²⁺イオンの結合を駆動する一般的原理を初めて明らかにし,現在のFFにおけるエラーの推定される原因を特定した。

シソーラス用語： *計算機シミュレーション ,  *分子内力学 ,  *マグネシウム化合物 ,  *金属イオン ,  *RNA【核酸】 ,  *力の場 ,  密度汎関数法 ,  計算 ,  *電荷移動 ,  分極 ,  分子構造 ,  *リボザイム ,  *イントロン ,  データベース ,  *結合部位 ,  シェル ,  水分子 ,  分子間相互作用 ,  核酸塩基 ,  *RNAウイルス ,  *肝炎δ因子 ,  自由エネルギー ,  結合水 ,  結晶構造 ,  活性部位 ,  慣性半径 ,  *パラメタリゼーション ,  濃度 ,  配位子 ,  パラメータ ,  プログラムパッケージ
準シソーラス用語： AMBER ,  *hepatitis δ virus ,  X線構造 ,  *グループIIイントロン ,  *パラメータ化 ,  *マグネシウムイオン ,  リガンド【配位子】 ,  触媒部位 ,  水和水 ,  蛋白質データバンク ,  配位形式 ,  *分子動力学シミュレーション ,  密度汎関数理論計算 ,  *量子力学/分子力学法

分類 (4件)： 生物物理学一般  (EA02020O) ,  核酸一般  (EB04010U) ,  非遷移金属元素の錯体  (CE01030C) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (10件)： 力場 ,  パラメータ ,  開発 ,  夢 ,  現実 ,  分子動力学 ,  量子力学 ,  シミュレーション ,  併用 ,  ガイドライン