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J-GLOBAL ID：201702220660803077   整理番号：17A1166477

動的自己誘導選択を用いた構造的非類似性サンプリング【Powered by NICT】

Structural dissimilarity sampling with dynamically self-guiding selection

著者 (2件)： Harada Ryuhei (Division of Life Science, Center for Computational Sciences, University of Tsukuba, 1-1-1 Tennodai, Tsukuba, Ibaraki, 305-8577, Japan) ,  Shigeta Yasuteru (Division of Life Science, Center for Computational Sciences, University of Tsukuba, 1-1-1 Tennodai, Tsukuba, Ibaraki, 305-8577, Japan)
資料名： Journal of Computational Chemistry  (Journal of Computational Chemistry)
巻： 38  号： 22  ページ： 1921-1929  発行年： 2017年 
JST資料番号： C0111B  ISSN： 0192-8651  CODEN： JCCHDD  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 構造非類似性サンプリング(SDS)は,与えられた蛋白質の構造転移を再現するための強化配座サンプリング方法として提案されている。SDSは二段階のサイクルから構成されている(1)測度を参照して構造的非類似性と初期構造の選定。(2)初期構造からの短時間分子動力学(MD)シミュレーションを再開による立体配座再標本化。本研究では,元のSDSへの拡張として反応物状態からの構造転移を加速する生成物状態に動的に自己導波選択として提案した効率的な手段である。拡張SDSでは,反応物の間の内積(IP)と短時間MDシミュレーションにより生成したスナップショットは各サイクルでIPに従って評価し,ランク付けした。低IPとスナップショットは短時間の分子動力学シミュレーションのための初期構造として選択した。この方式は反応物から異種と離れた初期構造を選ぶことを可能にし,従って初期構造は動的に生成物へのヘッド,反応物から構造相転移を促進した。立体配座サンプリング効率を確認するために,拡張SDSはマルトデキストリン結合蛋白質(MBP)に適用した,サブマイクロ秒次シミュレーション時間を持つ開から閉状態からの構造転移を再現することに成功した。しかし,従来の長時間MDシミュレーションは同一構造転移を再現できなかった。も通常SDSによって得られたそれと性能と実際の応用のための拡張SDSの可能性を特性化することによって開発された他の試料採取法を比較した。Copyright 2017 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： *構造相転移 ,  シミュレーション ,  計算機シミュレーション ,  立体配座 ,  等級づけ ,  測度 ,  タンパク質 ,  分子動力学 ,  キャラクタリゼーション
準シソーラス用語： マイクロ秒 ,  サンプリング速度 ,  分子動力学シミュレーション ,  スナップショット ,  反応物 ,  リサンプリング ,  *非類似性 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： 分子動力学 ,  立体配座サンプリング ,  生物学的に関連した稀な事象

分類 (2件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (3件)： 自己誘導 ,  非類似性 ,  サンプリング