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J-GLOBAL ID：201702224473327120   整理番号：17A1771183

鉄輸送蛋白質の平衡と速度論的性質を解読するための計算論的アプローチ【Powered by NICT】

Computational approaches for deciphering the equilibrium and kinetic properties of iron transport proteins

著者 (4件)： Abdizadeh H. (Faculty of Engineering and Natural Sciences, Sabanci University, Orhanli 34956, Tuzla, Istanbul, Turkey. [e-mail]) ,  Atilgan A. R. ,  Atilgan C. ,  Dedeoglu B.
資料名： Metallomics  (Metallomics)
巻： 9  号： 11  ページ： 1513-1533  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2338A  ISSN： 1756-5901  CODEN： METAIR  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 三次元構造決定技術の進歩に伴い,鉄輸送蛋白質トランスフェリンの高品質構造と細菌第二鉄結合蛋白質(FbpA)は過去10年間に堆積した。これらは比較的大きなサイズの蛋白質であり,ハードウエアとソフトウエアの開発は最近では標準的な計算資源を用いて,それらの動力学を研究することを可能にした。は異なる環境条件下での鉄輸送蛋白質の平衡及び動力学的性質を理解するための計算手法をレビューした。量子化学処理を必要とする詳細のレベルでは,鉄の周りの八面体構造を精査し,鉄配位チロシンは異常な脱プロトン化状態であることを確立した。原子論的レベルでは,N-ローブとトランスフェリンの完全二葉性構造の両方を,分子動力学(MD)シミュレーションによりpH,イオン強度と他の金属イオンの結合の条件を変えて研究した。これらの研究は,回答する場合などで,鉄放出における第二シェル残基,鉄結合のための活性部位を調製するのに相乗アニオンの役割,及びCローブをN及びの速度論の間の相違の機能に疑問を可能にした。FbpAに関するMDシミュレーションはリン酸塩の結合動力学アポ型への詳細な観察,およびペリプラズム空間によって提供された環境ニッチを模倣した条件下でホロ型の立体配座優位性をもたらした。受容体とこれらの蛋白質の動力学を研究するためには,粗視化方法論に頼らなければならない,これらのシステムは,原子論的シミュレーションのための非常に大きいため。そのような方法による病原性受容体を有するヒトトランスフェリン(hTf)の複合体の研究は進化的兵器で生じる防御機構のための潜在的な機構的説明を明らかにした。一方,トランスフェリン受容体結合hTfの運動は,アポhTf解離を阻害することが示され,二--蛋白質は細胞表面へのエンドソームからのリサイクルプロセス中の複雑なに残っている理由を説明した。未解決問題と量子機械的,MDと粗粒アプローチのハイブリッドを用いた処理が可能であることを鉄輸送蛋白質の金属イオン結合放出に関連する可能性のある技術的応用を検討した。Copyright 2017 Royal Society of Chemistry All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： トランスフェリン ,  立体配座 ,  金属イオン ,  リン酸塩 ,  分子動力学 ,  受容体 ,  *速度論 ,  複合体 ,  ソフトウェア ,  活性部位 ,  *鉄 ,  細菌 ,  アニオン ,  シミュレーション
準シソーラス用語： *輸送蛋白質 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 代謝と栄養  (EG03054K)

タイトルに関連する用語 (7件)： 鉄輸送 ,  蛋白質 ,  平衡 ,  速度論 ,  性質 ,  解読 ,  計算