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J-GLOBAL ID：201702230318916814   整理番号：17A1115801

蛋白質宇宙の機能的に関連したクラスタリングへのアプローチ:蛋白質構造と配列の活性部位プロファイルベースクラスタリング【Powered by NICT】

An approach to functionally relevant clustering of the protein universe: Active site profile-based clustering of protein structures and sequences

著者 (16件)： Knutson Stacy T. (Department of Physics, Wake Forest University, Winston-Salem, North Carolina, 27106) ,  Knutson Stacy T. (Department of Computer Science, Wake Forest University, Winston-Salem, North Carolina, 27106) ,  Westwood Brian M. (Department of Physics, Wake Forest University, Winston-Salem, North Carolina, 27106) ,  Westwood Brian M. (Department of Computer Science, Wake Forest University, Winston-Salem, North Carolina, 27106) ,  Leuthaeuser Janelle B. (Molecular Genetics and Genomics Program, Wake Forest School of Medicine, Winston-Salem, North Carolina, 27157) ,  Turner Brandon E. (Department of Physics, Wake Forest University, Winston-Salem, North Carolina, 27106) ,  Nguyendac Don (Department of Physics, Wake Forest University, Winston-Salem, North Carolina, 27106) ,  Shea Gabrielle (Department of Physics, Wake Forest University, Winston-Salem, North Carolina, 27106) ,  Kumar Kiran (Department of Physics, Wake Forest University, Winston-Salem, North Carolina, 27106) ,  Hayden Julia D. (Biochemistry Program, Dickinson College, Carlisle, Pennsylvania, 17013) ,  Harper Angela F. (Department of Physics, Wake Forest University, Winston-Salem, North Carolina, 27106) ,  Brown Shoshana D. (Department of Pharmaceutical Chemistry, University of California, San Francisco, California, 94158) ,  Morris John H. (Department of Pharmaceutical Chemistry, University of California, San Francisco, California, 94158) ,  Ferrin Thomas E. (Department of Pharmaceutical Chemistry, University of California, San Francisco, California, 94158) ,  Babbitt Patricia C. (Department of Pharmaceutical Chemistry, University of California, San Francisco, California, 94158) ,  Fetrow Jacquelyn S. (Department of Chemistry, University of Richmond, Richmond, Virginia, 23173)
資料名： Protein Science  (Protein Science)
巻： 26  号： 4  ページ： 677-699  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2730A  ISSN： 0961-8368  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質機能同定は重要な問題である。分子機能レベルでこの問題を解くスーパーファミリー内の機能的ファミリー間の詳細を区別する機構的決定因子同定アミノ酸を可能にするであろう。活性部位プロファイリングは,機構的決定因子を同定するために開発した。DASP/DASP2は活性部位プロファイリングを用いた配列データベースを探索するツールとして開発した。TuLIP(二レベル反復クラスタリングプロセス)を構造的に特性化されスーパーファミリーメンバーを分離する機能的に関連したクラスタに活性部位プロファイリングを利用する反復分割型クラスタリングプロセスとして導入した。TuLIPはDASP2探索における自己同定機能的に関連したファミリー(構造-機能連結データベース,SFLDにより管理された)であることを観察した;複数の機能ファミリを含むクラスタはそうではなかった。各TuLIP反復は候補クラスタを生成し,各々が,DASP2用いた自己同定するかどうか決定するために評価した。そうすれば,それは機能的に関連した群と考えられている。分割型クラスタリングが続く各構造までは機能的に関連するグループメンバーまたは一重項である。TuLIPはエノラーゼとグルタチオントランスフェラーゼ構造で検証し,スーパーファミリーはSFLDでよく管理された。強い相関性少数構造が統計的に有意な分析を妨げている。TuLIP同定されたエノラーゼクラスタはDASP2GenBank探索に用いられた機能部位特徴を共有する配列を同定した。解析によると,96%の真の陽性率,偽陰性率4%,最大偽陽性率4%を示した。エノラーゼ検索結果にF測度と性能解析とGEMMAとSCI PHYとの比較は,TuLIPは,これらの方法の分割問題を回避することを示した。エノラーゼファミリーの機構的決定因子を評価し,文献結果と良く相関することを示した。Copyright 2017 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： グルタチオントランスフェラーゼ ,  測度 ,  *クラスタ化 ,  *活性部位 ,  データベース ,  *タンパク質 ,  性能分析 ,  キャラクタリゼーション ,  エノラーゼ ,  *クラスタ
準シソーラス用語： 陽性率 ,  プロファイリング ,  決定因子 ,  蛋白質機能 ,  *蛋白質構造 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： 機能部位プロファイル ,  活性部位プロファイル ,  機構的決定因子 ,  同機能クラスタ ,  機能アノテーション ,  機能的に関連したクラスタリング ,  misannotation

分類 (3件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  酵素一般  (EB09010D) ,  生物学的機能  (EB03040U)

タイトルに関連する用語 (5件)： 蛋白質 ,  宇宙 ,  クラスタリング ,  蛋白質構造 ,  活性部位