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J-GLOBAL ID：201702242206727941   整理番号：17A1182449

VirusDetect:低分子RNAの大規模塩基配列決定を用いた効率的なウイルス発見のための自動化パイプライン【Powered by NICT】

VirusDetect: An automated pipeline for efficient virus discovery using deep sequencing of small RNAs

著者 (12件)： Zheng Yi (Boyce Thompson Institute, Ithaca, NY 14853, USA) ,  Gao Shan (Boyce Thompson Institute, Ithaca, NY 14853, USA) ,  Gao Shan (College of Life Sciences, Nankai University, Tianjin 300071, PR China) ,  Padmanabhan Chellappan (U.S. Vegetable Laboratory, U.S. Department of Agriculture-Agricultural Research Service, Charleston, SC 29414, USA) ,  Li Rugang (U.S. Vegetable Laboratory, U.S. Department of Agriculture-Agricultural Research Service, Charleston, SC 29414, USA) ,  Galvez Marco (Virology laboratory, International Potato Center (CIP), Lima, Peru) ,  Gutierrez Dina (Virology laboratory, International Potato Center (CIP), Lima, Peru) ,  Fuentes Segundo (Virology laboratory, International Potato Center (CIP), Lima, Peru) ,  Ling Kai-Shu (U.S. Vegetable Laboratory, U.S. Department of Agriculture-Agricultural Research Service, Charleston, SC 29414, USA) ,  Kreuze Jan (Virology laboratory, International Potato Center (CIP), Lima, Peru) ,  Fei Zhangjun (Boyce Thompson Institute, Ithaca, NY 14853, USA) ,  Fei Zhangjun (Robert W. Holley Center for Agriculture and Health, U.S. Department of Agriculture-Agricultural Research Service, Ithaca, NY 14853, USA)
資料名： Virology  (Virology)
巻： 500  ページ： 130-138  発行年： 2017年 
JST資料番号： H0793A  ISSN： 0042-6822  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 植物と動物におけるウイルスの正確な検出は,農業生産とヒトの健康に重要である。ウイルス由来の低分子干渉RNAのディープ配列決定およびアセンブリはウイルス発見のための非常に効率的な方法であることが証明されている。VirusDetect,既知及び新規なウイルス同定のための大規模低分子RNA(sRNA)データセットを分析できることをバイオインフォマティクスパイプラインを示した。VirusDetectはs RNA配列を整列させる管理されたウイルス参照データベースへの参照ガイド集合体と自動パラメータ最適化によるs RNA配列のde novo集合体と宿主sRNA減算の選択を行う。組み立てたコンティグは既知及び新規ウイルス同定のための管理されたと分類された参照ウイルスデータベースと比較し,新しいウイルスを同定するためのそれらのsRNAサイズプロファイルを評価した。昆虫と植物s RNAデータセットを用いた大規模評価ではVirusDetectは高感度で,既知及び新規ウイルスを同定するのに有効であることを示唆した。VirusDetectであるhttp://bioinfo.bti.cornell.edu/tool/VirusDetect/で自由に利用できる。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 凝集体 ,  *自動化 ,  siRNA ,  高感度 ,  *RNA【核酸】 ,  *ヌクレオチド配列 ,  減算 ,  データベース ,  *ウイルス ,  コンティグ ,  パラメータ最適化 ,  農業生産 ,  *低分子RNA ,  昆虫綱 ,  *改変 ,  *微生物 ,  節足動物 ,  無脊椎動物
準シソーラス用語： 昆虫類 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： ウイルス発見 ,  小RNA ,  次世代シークエンシング ,  VirusDetect

分類 (3件)： ウイルスの生化学  (EG04030F) ,  ウイルス感染の生理と病原性  (EG04042Y) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (7件)： 低分子RNA ,  大規模 ,  塩基配列 ,  ウイルス ,  発見 ,  自動化 ,  パイプライン