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J-GLOBAL ID：201702245469002617   整理番号：17A0410855

Conf VLKA:仮想ロック・アンド・キーアプローチの構造に基づく再検討【Powered by NICT】

Conf-VLKA: A structure-based revisitation of the Virtual Lock-and-key Approach

著者 (3件)： Tutone Marco (Dipartimento di Scienze e Tecnologie Biologiche Chimiche e Farmaceutiche (STEBICEF), Universita di Palermo, Via Archirafi 28, Palermo, Italy) ,  Perricone Ugo (Dipartimento di Scienze e Tecnologie Biologiche Chimiche e Farmaceutiche (STEBICEF), Universita di Palermo, Via Archirafi 28, Palermo, Italy) ,  Almerico Anna Maria (Dipartimento di Scienze e Tecnologie Biologiche Chimiche e Farmaceutiche (STEBICEF), Universita di Palermo, Via Archirafi 28, Palermo, Italy)
資料名： Journal of Molecular Graphics & Modelling  (Journal of Molecular Graphics & Modelling)
巻： 71  ページ： 50-57  発行年： 2017年 
JST資料番号： B0044D  ISSN： 1093-3263  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 以前の研究では,情報源として用いて知られている阻害剤上で計算された分子記述子から出発して目標割り当てを評価するために,住宅における仮想ロックアンドキーアプローチ(VLKA)を開発した。このプロトコルは,良好な信頼性(80%)全データセットに対して正確な生物学的標的を予測することができ,実験的に証明され,これは未知化合物の標的漁業に有用である。本論文では,予測の精度に及ぼす配位子の3D立体配座の影響を評価するために,より洗練された一つの住宅開発VLKAにおける以前のを再構築することを試みた。評価およびランク付けの同じ以前のアルゴリズムを適用したがドッキングとして,今回,構造に基づく手法とを組み合わせた。この理由のために,RCSB蛋白質データバンク(PDB)から検索された,以前の研究に含まれる生物学的標的の利用可能な3D構造,VLKA生物学的標的の7352データセット化合物の姿勢を計算するために使用した。,ドッキングプロトコルは各分子のドッキング姿勢から,ドッキングスコアを検索するために使用されている3D-ディスクリプタを計算した(Conf VLKA),単純なドッキングスコアの使用は,化合物分類を改善するには不十分であることが分かったが,Conf VLKAは元のVLKAと比較して幾つかの変動,特に,配位子は多数の回転異性体のを示した目標を示した。本研究では,配位子構造への適応蛋白質側鎖を考慮する誘導適合ドッキングまたは分子動力学構造クラスタリングのような他の技術を用いて完成された最初の予備的研究である。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： プロトコル ,  立体配座 ,  情報源 ,  分子動力学 ,  再構成 ,  クラスタ化 ,  *ドッキング ,  側鎖 ,  等級づけ ,  予備調査 ,  統制索引語 ,  三次元
準シソーラス用語： 回転異性体 ,  蛋白質データベース ,  分子記述子 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (8件)： Vlka ,  Descriptors ,  ドッキング ,  標的フィッシング ,  配位子 ,  構造 ,  生物学的標的 ,  阻害剤

分類 (2件)： 分子化合物  (CE02000C) ,  酵素製剤・酵素阻害剤の基礎研究  (GW21010W)

タイトルに関連する用語 (3件)： 仮想 ,  ロック ,  キー