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J-GLOBAL ID：201702247739103389   整理番号：17A1485086

Methanosarcina acetivoransにおける基板と中鎖アシル-CoAシンテターゼの結合機構の計算研究【Powered by NICT】

Computational study of the binding mechanism of medium chain acyl-CoA synthetase with substrate in Methanosarcina acetivorans

著者 (5件)： Du Juan (Key Lab of Applied Mycology, College of Life Science, Qingdao Agricultural University, Qingdao, China) ,  Wang Xiaolu (Key Lab of Applied Mycology, College of Life Science, Qingdao Agricultural University, Qingdao, China) ,  Nie Qingjuan (Foreign Languages School, Qingdao Agricultural University, Qingdao, China) ,  Yang Jianming (Key Lab of Applied Mycology, College of Life Science, Qingdao Agricultural University, Qingdao, China) ,  Yao Xiaojun (College of Chemistry and Chemical Engineering, Lanzhou University, Lanzhou, China)
資料名： Journal of Biotechnology  (Journal of Biotechnology)
巻： 259  ページ： 160-167  発行年： 2017年 
JST資料番号： A0456C  ISSN： 0168-1656  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： アデニル化酵素のアシルAMP形成ファミリーはアシル基質,ATP及びCoAからアシル-CoAの形成,多くの異化と同化過程の代謝産物であることを触媒する。Macs_Maと命名したMethanosarcina acetivoransからの中鎖アシルCoAシンテターゼはその優先基質として2-メチルブチラートを使用している。はこの酵素のCys298とLys256の側鎖間の相互作用が触媒活性に重要であることを報告した。これら残基の変異は構造安定性と低下または非存在触媒活性の変化をもたらした。本研究では,基板2-メチルブチラートAMP(2meba)とMacs_Ma間の結合機構を,分子ドッキング,分子動力学シミュレーション,結合自由エネルギー計算,活性部位アクセスチャネル分析と主成分分析を含む複数の計算法を統合することにより調べた。WT,変異Macと基板の間の結合自由エネルギーをMM-GBSA法,この酵素と基質間の結合親和性は,WTにおける強い変異型(K256L,K256TとC298Y)よりも示したにより計算した。残基ごと結合自由エネルギー分解は,Gly327,Phe350,Gly351,Gln352とLys461のようないくつかの残基は酵素と基質結合親和性に重要なを同定した。変異システム(Mac~K256L,Mac~K256TとMac~C298Y)のアクセスチャンネルは,野生型系のものと異なることが分かった。K256LとC298YはWTと比較して全体的蛋白質への大きな柔軟性を誘導することを示唆したが,K256TはPCAベクトルヤマアラシによるWTと比較して部分的な蛋白質への大きな柔軟性を誘導した。Macの基質結合機構と合理的酵素設計のための有用な情報を理解するための新しい洞察を提供する。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 活性部位 ,  野生型 ,  触媒 ,  触媒活性 ,  タンパク質 ,  基質 ,  変異 ,  *アシルCoA ,  柔軟性
準シソーラス用語： 結合親和性 ,  結合自由エネルギー ,  分子動力学シミュレーション ,  分子ドッキング ,  残基 ,  *Methanosarcina acetivorans , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： Macs_Ma ,  分子ドッキング ,  分子動力学シミュレーション ,  結合自由エネルギー計算 ,  活性部位はアクセスチャネル解析 ,  主成分分析

分類 (2件)： 酵素一般  (EB09010D) ,  遺伝子操作  (EC02050B)

タイトルに関連する用語 (4件)： Methanosarcina ,  アシル-CoAシンテターゼ ,  計算 ,  研究