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J-GLOBAL ID：201702253455266823   整理番号：17A0991744

メタゲノミクスショットガン配列を用いた大規模16S遺伝子集合

Large-scale 16S gene assembly using metagenomics shotgun sequences

著者 (8件)： ZENG Feng (Xiamen Univ., Fujian, CHN) ,  WANG Zicheng (Tsinghua Univ., Beijing, CHN) ,  WANG Ying (Xiamen Univ., Fujian, CHN) ,  ZHOU Jizhong (Tsinghua Univ., Beijing, CHN) ,  ZHOU Jizhong (Univ. Oklahoma, OK, USA) ,  ZHOU Jizhong (Lawrence Berkeley National Lab., California, USA) ,  CHEN Ting (Tsinghua Univ., Beijing, CHN) ,  CHEN Ting (Univ. Southern California, CA, USA)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 33  号： 10  ページ： 1447-1456  発行年： 2017年05月15日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： メタゲノム配列決定データから16S遺伝子配列を再構築するため分類学ツリーおよびディリクレ過程を統合した計算機利用パイプライン,参照に基づくリボソーム集合(RAMBL)について述べた。RAMBLの16S遺伝子集合は,Candidate Phyla Radiationを含む既知および推定上の微生物に対するプロキシであることを合成および真のショットガン配列に対するベンチマーキングにより示した。陸生および腸管バイオームにおける細菌属の30-40%は,関連したゲノム配列を持たないことを見出した。

シソーラス用語： 遺伝学 ,  *ゲノム ,  *DNA【核酸】 ,  *rRNA ,  *遺伝子 ,  ミクロフローラ ,  遺伝学実験技術 ,  ヌクレオチド配列 ,  分類 ,  ツリー構造 ,  確率過程 ,  確率分布 ,  計算機利用 ,  パイプライン処理 ,  ソフトウェア ,  リボソーム ,  微生物 ,  計算機システム ,  ベンチマーク ,  生態系 ,  腸 ,  生物群系 ,  細菌
準シソーラス用語： *メタゲノミクス ,  *16S rDNA ,  メタゲノム ,  ヌクレオチド配列決定 ,  分類学 ,  Dirichlet過程 ,  ソフトウェアパイプライン ,  プロキシ ,  ベンチマーキング ,  陸生 ,  腸管 ,  バイオーム ,  ゲノム配列

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  核酸一般  (EB04010U)

タイトルに関連する用語 (2件)： 大規模 ,  集合