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J-GLOBAL ID：201702258537065274   整理番号：17A0193694

仮想状態遷移によるカノニカルサンプリングの増強

Enhancement of canonical sampling by virtual-state transitions

著者 (4件)： Higo Junichi (Institute for Protein Research, Osaka University, 3-2 Yamada-oka, Suita, Osaka 565-0871, Japan) ,  Kasahara Kota (College of Life Sciences, Ritsumeikan University, 1-1-1 Noji-higashi, Kusatsu, Shiga 525-8577, Japan) ,  Dasgupta Bhaskar (Institute for Protein Research, Osaka University, 3-2 Yamada-oka, Suita, Osaka 565-0871, Japan) ,  Nakamura Haruki (Institute for Protein Research, Osaka University, 3-2 Yamada-oka, Suita, Osaka 565-0871, Japan)
資料名： Journal of Chemical Physics  (Journal of Chemical Physics)
巻： 146  号： 4  ページ： 044104-044104-12  発行年： 2017年01月28日 
JST資料番号： C0275A  ISSN： 0021-9606  CODEN： JCPSA6  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： カノニカルサンプリングを増強するための新しい方法を開発した。実際には存在しない“仮想状態”と呼ばれる仮想的に導入したサブ状態にシステムを分割した。標準カノニカルサンプリング法,メトロポリスモンテカルロ法及びしばらくの間の仮想状態への閉込めにより配置サンプリングを実現した。対照的に,任意に設定できる遷移確率により仮想状態間の運動を制御した。仮想状態間遷移確率を決定するため,単純な再帰方程式を導入した。そしてそれによりサンプリングが大幅に増強した。著者らは,この方法を“仮想システム結合カノニカルモンテカルロ(VcMC)サンプリング”と呼んだ。得られたVcMCサンプリングデータから特定の温度におけるカノニカル分布関数を再構成するため単純な方法を提案した。一次元二重井戸ポテンシャル及び三次元リガンド-受容体結合/非結合モデルの2つのシステムを調べた。VcMCは,従来のカノニカルモンテカルロシミュレーションよりも迅速に正確なカノニカル分布を生成した。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *モンテカルロ法 ,  *統計集団 ,  遷移確率 ,  仮想状態 ,  分布関数 ,  反応座標 ,  計算機シミュレーション ,  標本抽出 ,  井戸型ポテンシャル ,  配位子 ,  受容体
準シソーラス用語： *カノニカル集団 ,  状態遷移 ,  サンプリング【統計】 ,  二重井戸型ポテンシャル

分類 (2件)： 分子の立体配置・配座  (BH05022J) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (3件)： 仮想 ,  状態遷移 ,  増強