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J-GLOBAL ID：201702264050021690   整理番号：17A1238876

脱水と水素結合に基づく蛋白質変異効果の予測 大規模研究【Powered by NICT】

Prediction of protein mutation effects based on dehydration and hydrogen bonding - A large-scale study

著者 (8件)： Schomburg Karen T. (Universitaet Hamburg, ZBH - Center for Bioinformatics, Bundestrasse 43, Hamburg, 20146, Germany) ,  Nittinger Eva (Universitaet Hamburg, ZBH - Center for Bioinformatics, Bundestrasse 43, Hamburg, 20146, Germany) ,  Meyder Agnes (Universitaet Hamburg, ZBH - Center for Bioinformatics, Bundestrasse 43, Hamburg, 20146, Germany) ,  Bietz Stefan (Universitaet Hamburg, ZBH - Center for Bioinformatics, Bundestrasse 43, Hamburg, 20146, Germany) ,  Schneider Nadine (Universitaet Hamburg, ZBH - Center for Bioinformatics, Bundestrasse 43, Hamburg, 20146, Germany) ,  Lange Gudrun (Bayer CropScience AG, Industriepark Hoechst, G836, Frankfurt am Main, 65926, Germany) ,  Klein Robert (Bayer CropScience AG, Industriepark Hoechst, G836, Frankfurt am Main, 65926, Germany) ,  Rarey Matthias (Universitaet Hamburg, ZBH - Center for Bioinformatics, Bundestrasse 43, Hamburg, 20146, Germany)
資料名： Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics  (Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics)
巻： 85  号： 8  ページ： 1550-1566  発行年： 2017年 
JST資料番号： T0761A  ISSN： 0887-3585  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質側鎖立体配座の信頼できる計算機予測とアミノ酸変異のエネルギー影響は構造に基づく設計を用いたバイオテクノロジー関連酵素反応の最適化のための重要な側面である。蛋白質安定性を改善することによって,より高い収率を達成することができた。さらに,部位特異的変異誘発による酵素反応の基質選択性を調整する高いターンオーバー速度をもたらすことができる。側鎖変異の立体配座とともに蛋白質構造に及ぼすエネルギー効果を予測するための新しいアプローチを提案した。ここで適用したHYDEスコアリング概念を水溶液中の分子構造に及ぼす脱水と水素結合の効果を評価することにより,主に分子相互作用について述べた。,古典的なremutation実験における側鎖立体配座予測の能力を評価した。さらに,実世界アプリケーションシナリオとより厳密に似ている新しい実験「断面変異」を評価するための新しいデータセットを提示した。データセット蛋白質対のは五までの点変異を有する。,構造変化は点変異のみに起因していた。断面変異実験では,元の蛋白質構造は対変異構造のよう側鎖の構造を予測する目的で変異している。側鎖立体配座予測(「remutation」)の比較は,HYDE_proteinの性能は最先端の方法と定性的に同等であることを示した。変異のエネルギー効果を予測するHYDE_proteinの能力は,三番目の実験で評価した。ここでは,蛋白質安定性に及ぼす影響を評価し症例の70%で正確に予測した。Copyright 2017 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 側鎖 ,  *水素結合 ,  立体配座 ,  バイオテクノロジー ,  *タンパク質 ,  *脱水 ,  分子間相互作用 ,  部位特異的変異誘発 ,  酵素反応 ,  *変異 ,  点突然変異 ,  基質特異性 ,  *予測
準シソーラス用語： 蛋白質構造 ,  蛋白質安定性 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (8件)： 蛋白質側鎖立体配座 ,  蛋白質安定性 ,  突然変異効果 ,  生体工学 ,  蛋白質設計 ,  HYDEはスコアリング ,  脱水 ,  水素結合

分類 (1件)： 分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (7件)： 脱水 ,  水素結合 ,  蛋白質 ,  変異 ,  予測 ,  大規模 ,  研究