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J-GLOBAL ID：201702264260794299   整理番号：17A0575083

pmxウェブサーバー: 錬金術のための扱いやすいインターフェース

pmx Webserver: A User Friendly Interface for Alchemistry

著者 (2件)： GAPSYS Vytautas (Max Planck Inst. Biophysical Chemistry, Goettingen, DEU) ,  DE GROOT Bert L. (Max Planck Inst. Biophysical Chemistry, Goettingen, DEU)
資料名： Journal of Chemical Information and Modeling  (Journal of Chemical Information and Modeling)
巻： 57  号： 2  ページ： 109-114  発行年： 2017年02月 
JST資料番号： A0294A  ISSN： 1549-9596  CODEN： JCISD8  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 本稿では,アミノ酸変異に基づく錬金術的分子動力学(MD)アプローチを行うソフトウェアpmxの開発について報告する。pmxでのアミノ酸ハイブリッド構造やトポロジー生成には5つのウェブサーバー(Amber99sb,Amber99sb ILDN,OPLSAA/L,Charmm22,およびCharmm36)の分子力学計算の力場を選択的に使用でき,生成した出力はGromacs MDエンジンと直接の互換性を持つ。さらに,無秩序蛋白質状態の構造/トポロジーのデータベースを組み立て,ウェブサーバーを介して利用できる。加えて,チャージ保存変異をサポートした全てのpmxで,無秩序状態のΔG値を前計算および集計できる。参考までに,蛋白質の無秩序状態に近似するトリペプチドの自由エネルギー計算とTrpケージミニ蛋白質の変異体分析をアラニンスキャンした例を提示した。pmxウェブサーバーは技術的な要求の障壁を低くすることを目的としている。本研究も含めたMDシミュレーションの近年の進歩は,完全な自動化MDに基づいた変異スキャンのアイデアをもたらす。

シソーラス用語： 計算機シミュレーション ,  *分子動力学 ,  *トリペプチド ,  *自由エネルギー ,  立体配座 ,  変異 ,  データベース ,  折畳み構造 ,  ソフトウェア ,  Web【情報システム】 ,  熱力学的安定度 ,  変性
準シソーラス用語： 分子動力学シミュレーション ,  アミノ酸変異 ,  蛋白質アンフォールディング

分類 (1件)： 分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (4件)： PMX ,  ウェブサーバー ,  錬金術 ,  インターフェース