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J-GLOBAL ID：201702265185527513   整理番号：17A1718804

変性CLIP,dCLIP,パイプラインはクロマチン関連蛋白質上の離散RNAフットプリントを同定し,CBX7は3′UTRはm RNA発現を標的とすることを明らかにする【Powered by NICT】

Denaturing CLIP, dCLIP, Pipeline Identifies Discrete RNA Footprints on Chromatin-Associated Proteins and Reveals that CBX7 Targets 3′ UTRs to Regulate mRNA Expression

著者 (18件)： Rosenberg Michael (Howard Hughes Medical Institute, Boston, MA 02114, USA) ,  Rosenberg Michael (Department of Molecular Biology, Massachusetts General Hospital, Boston, MA 02114, USA) ,  Rosenberg Michael (Department of Genetics, Harvard Medical School, Boston, MA 02114, USA) ,  Blum Roy (Howard Hughes Medical Institute, Boston, MA 02114, USA) ,  Blum Roy (Department of Molecular Biology, Massachusetts General Hospital, Boston, MA 02114, USA) ,  Blum Roy (Department of Genetics, Harvard Medical School, Boston, MA 02114, USA) ,  Kesner Barry (Howard Hughes Medical Institute, Boston, MA 02114, USA) ,  Kesner Barry (Department of Molecular Biology, Massachusetts General Hospital, Boston, MA 02114, USA) ,  Kesner Barry (Department of Genetics, Harvard Medical School, Boston, MA 02114, USA) ,  Maier Verena K. (Howard Hughes Medical Institute, Boston, MA 02114, USA) ,  Maier Verena K. (Department of Molecular Biology, Massachusetts General Hospital, Boston, MA 02114, USA) ,  Maier Verena K. (Department of Genetics, Harvard Medical School, Boston, MA 02114, USA) ,  Szanto Attila (Howard Hughes Medical Institute, Boston, MA 02114, USA) ,  Szanto Attila (Department of Molecular Biology, Massachusetts General Hospital, Boston, MA 02114, USA) ,  Szanto Attila (Department of Genetics, Harvard Medical School, Boston, MA 02114, USA) ,  Lee Jeannie T. (Howard Hughes Medical Institute, Boston, MA 02114, USA) ,  Lee Jeannie T. (Department of Molecular Biology, Massachusetts General Hospital, Boston, MA 02114, USA) ,  Lee Jeannie T. (Department of Genetics, Harvard Medical School, Boston, MA 02114, USA)
資料名： Cell Systems  (Cell Systems)
巻： 5  号： 4  ページ： 368-385.e15  発行年： 2017年 
JST資料番号： W3087A  ISSN： 2405-4712  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： クロマチン複合体と長鎖非コードRNAの相互作用ネットワークは,後成的調節における回帰性のテーマとなっている。しかし,技術的限界はクロマチン結合蛋白質のためのRNA結合モチーフの同定を妨げてきた。,UV架橋RNA免疫沈降(dCLIP)への変性段階を加え,マウスとヒトのクロモボックスホモログ7(CBX7),ポリコーム抑制複合体1(PRC1)のRNA結合サブユニットにdCLIPを適用した。両種において,CBX7は主にメッセンジャーRNAの3′UTRに結合する。CBX7は171 183ヌクレオチドの中央RNA「フットプリント」の小サイズはバイオインフォマティクスによるモチーフの同定を容易にすると結合した。マウスにおけるコンセンサスRNAモチーフの四家系を見出し,ヒトCBX7dCLIPデータの独立分析は類似したモチーフを同定した。それらの変異はin vitroでCBX7結合を消失させる。アンチセンスオリゴヌクレオチドを用いた薬理学的介入は逆説的にCBX7結合を増加させ,遺伝子発現を増強する。これらのデータは,dCLIPの有用性を支持し,CBX7間の予想外の機能的相互作用とm RNAの3′UTRを明らかにした。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 複合体 ,  *mRNA ,  相互作用 ,  免疫沈降反応 ,  in vitro実験 ,  *RNA【核酸】 ,  遺伝子発現 ,  サブユニット ,  ネットワーク ,  *タンパク質 ,  *クロマチン ,  ヌクレオチド ,  ヒト
準シソーラス用語： バイオインフォマティクス ,  *3′非翻訳領域 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (11件)： CBX7 ,  PRC1 ,  ポリコーム ,  CLIP ,  RNA ,  3′UTR ,  RNAインタラクトーム ,  エピジェネティクス ,  バイオインフォマティクス ,  ChIP ,  クロマチン

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  生物学的機能  (EB03040U)

タイトルに関連する用語 (11件)： 変性 ,  CLIP ,  パイプライン ,  クロマチン ,  蛋白質 ,  RNA ,  フットプリント ,  同定 ,  3′UTR ,  発現 ,  標的