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J-GLOBAL ID：201702266707605313   整理番号：17A0521738

変異導入:複数のCas9ヌクレアーゼを用いるバリアントを考慮した飽和変異導入により形質関連座位の調節配列が明らかになる

Variant-aware saturating mutagenesis using multiple Cas9 nucleases identifies regulatory elements at trait-associated loci

著者 (24件)： CANVER Matthew C (Harvard Medical School, Massachusetts, USA) ,  WU Yuxuan (Harvard Medical School, Massachusetts, USA) ,  STERN Emily N (Harvard Medical School, Massachusetts, USA) ,  NEEDLEMAN Austen J (Harvard Medical School, Massachusetts, USA) ,  CHEN Diane D (Harvard Medical School, Massachusetts, USA) ,  DAS Partha Pratim (Harvard Medical School, Massachusetts, USA) ,  COLE Mitchel A (Harvard Medical School, Massachusetts, USA) ,  ZENG Jing (Harvard Medical School, Massachusetts, USA) ,  BAUER Daniel E (Harvard Medical School, Massachusetts, USA) ,  ORKIN Stuart H (Harvard Medical School, Massachusetts, USA) ,  LESSARD Samuel (Univ. de Montreal, Quebec, CAN) ,  ILBOUDO Yann (Univ. de Montreal, Quebec, CAN) ,  LETTRE Guillaume (Univ. de Montreal, Quebec, CAN) ,  PINELLO Luca (Harvard Medical School, Massachusetts, USA) ,  GALACTEROS Frederic (Hopital Henri-Mondor, Creteil, FRA) ,  BRUGNARA Carlo (Boston Children’s Hospital, Massachusetts, USA) ,  KUTLAR Abdullah (Augusta Univ., Georgia, USA) ,  MCKENZIE Colin (Univ. the West Indies, Kingston, JAM) ,  REID Marvin (Univ. the West Indies, Kingston, JAM) ,  KURITA Ryo (Central Blood Inst., Tokyo, JPN) ,  NAKAMURA Yukio (RIKEN, Tsukuba, JPN) ,  NAKAMURA Yukio (Univ. Tsukuba, Tsukuba, JPN) ,  YUAN Guo-Cheng (Dep. of Biostatistics and Computational Biology, Dana-Farber Cancer Inst. and Harvard T.H. Chan School of Public Health, Massachusetts, USA) ,  ORKIN Stuart H (Howard Hughes Medical Inst., Massachusetts, USA)
資料名： Nature Genetics  (Nature Genetics)
巻： 49  号： 4  ページ： 625-634  発行年： 2017年04月 
JST資料番号： W0430A  ISSN： 1061-4036  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Cas9を用いたハイスループットのsaturating in situ mutagenesis(in situでの飽和変異導入)により,ゲノム断片全体にわたる機能を詳細にマッピングすることが可能になる。ゲノムワイド関連研究で同定された疾患や形質に関連するバリアントは大部分が調節性座位にクラスターを形成するものである。本論文では,複数のデザイナー・ヌクレアーゼとバリアントを考慮したライブラリーの設計により,形質関連の調節性DNAを高分解能で調べたことを示す。我々は,単一あるいは複数のヌクレアーゼを用いて,バリアントを含んだ飽和変異導入ライブラリーを作製するためのコンピューターツールを開発した。この方法を,胎児型ヘモグロビンレベルなどの赤血球の形質に関連する領域であるHBS1L-MYB遺伝子間領域に適用した。この手法により,MYBの発現を制御する推定調節配列を同定した。ゲノムコピー数の解析を行うと,偽陽性領域の可能性が浮かび上がってきたので,飽和変異導入実験の設計ではオフターゲット解析が重要であることが強く示唆された。総合的にこれらのデータは,疾患や形質に関連する大規模領域内の最小限の機能配列を同定するために広く適用できるハイスループットで高分解能の方法を確立している。Copyright Nature Japan KK 2017

シソーラス用語： ヒト ,  *エンドヌクレアーゼ ,  タンパク質 ,  *ゲノム ,  ゲノムワイド関連解析 ,  *突然変異体 ,  同定 ,  *変異誘発 ,  遺伝子座 ,  DNA【核酸】 ,  遺伝子ライブラリー ,  ヘモグロビン ,  赤血球 ,  遺伝子 ,  プロトオンコジーン ,  遺伝子発現 ,  *ヌクレオチド配列 ,  一塩基多型 ,  機能 ,  写像 ,  アルゴリズム
準シソーラス用語： *Cas9 ,  *飽和変異誘発 ,  胎児型ヘモグロビン ,  HBS1L遺伝子 ,  myb遺伝子 ,  SNP ,  マッピング

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (8件)： 変異 ,  Cas9 ,  ヌクレアーゼ ,  バリアント ,  飽和 ,  形質 ,  座位 ,  調節配列