文献

J-GLOBAL ID：201702268684796642   整理番号：17A0475607

肝細胞癌の大規模リン酸化プロテオーム解析で発見されたホスホペプチドの標的検証のためのSIM/AIMS分析と結合したスーパーSILAC混合【Powered by NICT】

Super-SILAC mix coupled with SIM/AIMS assays for targeted verification of phosphopeptides discovered in a large-scale phosphoproteome analysis of hepatocellular carcinoma

著者 (15件)： Lin Yu-Tsun (Graduate Institute of Biomedical Sciences, College of Medicine, Chang Gung University, Taoyuan 33302, Taiwan) ,  Chien Kun-Yi (Graduate Institute of Biomedical Sciences, College of Medicine, Chang Gung University, Taoyuan 33302, Taiwan) ,  Chien Kun-Yi (Clinical Proteomics Core Laboratory, Chang Gung Memorial Hospital, Linkou, Taiwan) ,  Wu Chia-Chun (Graduate Institute of Biomedical Sciences, College of Medicine, Chang Gung University, Taoyuan 33302, Taiwan) ,  Chang Wen-Yu (Department of Cell and Molecular Biology, College of Medicine, Chang Gung University, Taoyuan 33302, Taiwan) ,  Chu Lichieh Julie (Molecular Medicine Research Center, Chang Gung University, Taoyuan 33302, Taiwan) ,  Chu Lichieh Julie (Liver Research Center, Chang Gung Memorial Hospital, Linkou, Taiwan) ,  Chen Min-Chi (Department of Public Health and Biostatistics Consulting Center, College of Medicine, Chang Gung University, Taoyuan 33302, Taiwan) ,  Yeh Chau-Ting (Department of Biochemistry, College of Medicine, Chang Gung University, Taoyuan 33302, Taiwan) ,  Yeh Chau-Ting (Molecular Medicine Research Center, Chang Gung University, Taoyuan 33302, Taiwan) ,  Yeh Chau-Ting (Liver Research Center, Chang Gung Memorial Hospital, Linkou, Taiwan) ,  Yu Jau-Song (Graduate Institute of Biomedical Sciences, College of Medicine, Chang Gung University, Taoyuan 33302, Taiwan) ,  Yu Jau-Song (Department of Cell and Molecular Biology, College of Medicine, Chang Gung University, Taoyuan 33302, Taiwan) ,  Yu Jau-Song (Molecular Medicine Research Center, Chang Gung University, Taoyuan 33302, Taiwan) ,  Yu Jau-Song (Liver Research Center, Chang Gung Memorial Hospital, Linkou, Taiwan)
資料名： Journal of Proteomics  (Journal of Proteomics)
巻： 157  ページ： 40-51  発行年： 2017年 
JST資料番号： T0073A  ISSN： 1874-3919  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 豊富な研究は異常なりん酸化と肝細胞癌(HCC)の間の密接な相関を確立した。ここでは,HCC組織と非腫瘍の三対間のホスホプロテオームを比較するためにジメチル標識化とオンライン3次元強陽イオン交換クロマトグラフィー(SCX)-酸化チタン(TiO_2)/RP LTQ Orbitrapを組み合わせた定量的ホスホプロテオミクスプラットフォームを適用した。この解析は7868定量可能なホスホペプチドと多数のアップまたはダウンレギュレーション候補を得た。LMNAおよびNIPAのりん酸化の増加は特異的抗体を用いて確認した。検証能力を拡大するために,HCC組織試料中のホスホペプチド候補のサブセットを定量化するために内部標準として超SILAC混合物を用いたSIM/正確な包接マススクリーニング(AIMS)モードでのLTQ-Orbitrap操作の使用を評価した。発見実験に用いる試料Iでは,32(SIMモード)と30(AIMSモード)ホスホペプチドを定量化した中央値変動係数(CV)7.5%と8.3%で,それぞれに成功した。アッセイは検証実験のための他の三対のHCC試料に適用した場合,40標的ホスホペプチドを確実に(7.5% CV)定量し,それらの半分以上が腫瘍および隣接する非腫瘍組織間で差次的に発現した。まとめると,これらの結果は,HCC試料の大規模ホスホプロテオーム解析により発見されたホスホペプチドの標的検証のための超SILAC混合SIM/AIMSアッセイを使用することの実現可能性を示した。本研究では,LTQ-OrbitrapにHCC組織試料における脱調節されたりん蛋白質の発見および標的検証を行うための戦略を開発した。この戦略は潜在的なHCCバイオマーカーや治療標的の同定のための貴重な資源を表すことを有意に規制緩和されたりん蛋白質を含む定量的H CC組織ホスホプロテオームデータセットを生成することができた。さらに,概念実証実験をもとに,多重,SIM/AIMSモードで操作し,LTQ-Orbitrapを適用することの実現可能性を示し,内部ホスホペプチド標準として超SILAC混合を用いた個々の組織標本におけるホスホペプチドの検証を対象とした。この方法はより大きなHCC試料セット中の多数のペプチド候補を検証するために容易に適用することができた。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： *肝細胞癌 ,  *ペプチド ,  リンタンパク質 ,  三次元 ,  *リン酸化 ,  実証実験 ,  変動係数 ,  ダウンレギュレーション ,  バイオマーカー ,  酸化チタン ,  イオントラップ質量分析 ,  プロテオーム ,  *標識法 ,  *解析
準シソーラス用語： *SILAC ,  *プロテオーム解析 ,  ホスホプロテオーム ,  *ホスホペプチド ,  Orbitrap , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 肝細胞癌 ,  定量的ホスホプロテオミクス ,  スーパーSILAC混合物 ,  SIM/AIMS ,  標的検証

分類 (2件)： 基礎腫よう学一般  (GE02010R) ,  生物学的機能  (EB03040U)

タイトルに関連する用語 (9件)： 肝細胞癌 ,  大規模 ,  リン酸化 ,  プロテオーム解析 ,  発見 ,  ホスホペプチド ,  標的 ,  検証 ,  SILAC