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J-GLOBAL ID：201702276980190977   整理番号：17A1587764

RNA-seqデータに基づく大規模なハチの幼虫のSSR分子マーカーの開発【JST・京大機械翻訳】

Large-scale development of SSR primers for Apis cerana cerana larvae based on its RNA-seq datasets

著者 (10件)： Xiong Cuiling (福建農林大学蜂学学院,福州,350002) ,  Zhang Lu (福建農林大学蜂学学院,福州,350002) ,  Fu Zhongmin (福建農林大学蜂学学院,福州,350002) ,  Wang Hongquan (福建農林大学蜂学学院,福州,350002) ,  Hou Zhixian (福建農林大学蜂学学院,福州,350002) ,  Tong Xinyu (福建農林大学蜂学学院,福州,350002) ,  Li Wendong (福建農林大学蜂学学院,福州,350002) ,  Zheng Yanzhen (福建農林大学蜂学学院,福州,350002) ,  Chen Dafu (福建農林大学蜂学学院,福州,350002) ,  Guo Rui (福建農林大学蜂学学院,福州,350002)
資料名： Huanjing Kunchong Xuebao  (Huanjing Kunchong Xuebao)
巻： 39  号： 1  ページ： 68-74  発行年： 2017年 
JST資料番号： C2927A  ISSN： 1674-0858  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： 中華ミツバチは東洋ミツバチの一つの亜種であり、中国の特有なハチ種でもあり、中国におけるミツバチの一つであることが知られている。本研究では、すでに得られた中華ミツバチ幼虫の腸内トランスクリプトームデータに基づいて、SSR分子マーカーを予測し、SSR遺伝子座の情報分析とSSRプライマーの発掘を行った。MISAソフトウェアを用いて、幼虫の腸内トランスクリプトームにおけるデータセットにより得られた43557本のunigenesに対して探索を行い、合計13448個のSSR遺伝子座を予測し、それらは7763本のunigeneに分布している。そのうち、最も主要な反復型はジヌクレオチド反復(58.03%)、その次はトリヌクレオチド反復(28.23%)とテトラヌクレオチド反復(9.72%)であった。ジヌクレオチド反復におけるモチーフは主にAT/AT(全体の30.4%)を占めた。すべてのSSR遺伝子座に対して、Primer Premier 5ソフトウェアを用いて、21627対のプライマーを設計し、ランダムに48対のプライマーを選択し、5つの異なる由来の中華ミツバチ幼虫の腸サンプルに対してSSR遺伝子座を増幅した。全部で15対の期待される目的断片を成功裏に増幅することができた。研究結果により、トランスクリプトームデータを利用して、ミツバチの幼虫のSSRプライマーを大規模に開発することは実行可能であり、本研究で開発したSSRプライマーは中華ミツバチの分子遺伝学を研究するための基礎を築いたことが明らかになった。Data from Wanfang. Translated by JST【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 中華人民共和国 ,  ミツバチ ,  ソフトウェア ,  *幼虫 ,  トランスクリプトーム
準シソーラス用語： 分子遺伝学 ,  情報分析 ,  亜種 ,  Apis cerana ,  *分子マーカー ,  *RNA-seq , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： RNA-seq ,  Apis cerana cerana ,  larval gut ,  SSR

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (6件)： 大規模 ,  ハチ ,  幼虫 ,  SSR ,  分子マーカー ,  開発