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J-GLOBAL ID：201702281804986078   整理番号：17A1101135

SCODE 分化の間の単一細胞RNA-Seqからの効率良い調節ネットワーク推論アルゴリズム

SCODE: an efficient regulatory network inference algorithm from single-cell RNA-Seq during differentiation

著者 (9件)： MATSUMOTO Hirotaka (RIKEN, Saitama, JPN) ,  KIRYU Hisanori (Univ. Tokyo, Chiba, JPN) ,  FURUSAWA Chikara (RIKEN, Osaka, JPN) ,  FURUSAWA Chikara (Univ. Tokyo, Tokyo, JPN) ,  KO Minoru S.H. (Keio Univ. School of Medicine, Tokyo, JPN) ,  KO Shigeru B.H. (Keio Univ. School of Medicine, Tokyo, JPN) ,  GOUDA Norio (Keio Univ. School of Medicine, Tokyo, JPN) ,  HAYASHI Tetsutaro (RIKEN, Saitama, JPN) ,  NIKAIDO Itoshi (RIKEN, Saitama, JPN)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 33  号： 15  ページ： 2314-2321  発行年： 2017年08月01日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 時間経過データはネットワーク推論に有用であるが,そのようなデータのための従来の推論アルゴリズムは,単一細胞RNA-seqデータのように,試料や遺伝子の数が大きいと高い時間複雑度の影響を受けるので,分化の間の単一細胞RNA-seqからネットワークを推論するために,新しいアルゴリズムが必要である。本稿では常微分方程式に基づき,調節ネットワークを推論するための,新しく効率の良いアルゴリズムSCODEを紹介する。本アルゴリズムは単一細胞分化分析のための有望なアプローチである。SCODEは,https://github.com/hmatsu1226/SCODEにて利用可能である。

シソーラス用語： *細胞分化 ,  生化学的分析 ,  遺伝学実験技術 ,  *ネットワーク ,  *アルゴリズム ,  *単一細胞解析 ,  *RNA-seq ,  *遺伝子調節ネットワーク ,  *分化 ,  *発生生理
準シソーラス用語： *調節ネットワーク

分類 (2件)： 遺伝学研究法  (EC01020N) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (6件)： 分化 ,  単一細胞 ,  RNA-seq ,  調節ネットワーク ,  推論 ,  アルゴリズム