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J-GLOBAL ID：201702284695675547   整理番号：17A1163941

コイCyprinus carpioにおける環境DNA研究のための高感度遺伝的マーカーとしての核の内部転写スペーサー1【Powered by NICT】

Nuclear internal transcribed spacer-1 as a sensitive genetic marker for environmental DNA studies in common carp Cyprinus carpio

著者 (10件)： Minamoto Toshifumi (Graduate School of Human Development and Environment, Kobe University, 3-11 Tsurukabuto, Nada-ku, Kobe City, Hyogo, 657-8501, Japan) ,  Uchii Kimiko (Institute for Sustainable Sciences and Development, Hiroshima University, 1-3-1 Kagamiyama, Higashi-Hiroshima, Hiroshima, 739-8530, Japan) ,  Uchii Kimiko (Faculty of Pharmacy, Osaka Ohtani University, 3-11-1 Nishikiori-kita, Tondabayashi, Osaka, 584-8540, Japan) ,  Takahara Teruhiko (Institute for Sustainable Sciences and Development, Hiroshima University, 1-3-1 Kagamiyama, Higashi-Hiroshima, Hiroshima, 739-8530, Japan) ,  Takahara Teruhiko (Faculty of Life and Environmental Science, Shimane University, 1060 Nishikawatsu-cho, Matsue, Shimane, 690-8504, Japan) ,  Kitayoshi Takumi (Faculty of Science and Technology/Graduate School of Science and Technology, Ryukoku University, 1-5 Yokotani, Seta Oe-cho, Otsu, Shiga, 520-2194, Japan) ,  Tsuji Satsuki (Faculty of Science and Technology/Graduate School of Science and Technology, Ryukoku University, 1-5 Yokotani, Seta Oe-cho, Otsu, Shiga, 520-2194, Japan) ,  Yamanaka Hiroki (Faculty of Science and Technology/Graduate School of Science and Technology, Ryukoku University, 1-5 Yokotani, Seta Oe-cho, Otsu, Shiga, 520-2194, Japan) ,  Doi Hideyuki (Institute for Sustainable Sciences and Development, Hiroshima University, 1-3-1 Kagamiyama, Higashi-Hiroshima, Hiroshima, 739-8530, Japan) ,  Doi Hideyuki (Graduate School of Simulation Studies, University of Hyogo, 7-1-28 Minatojima-minamimachi, Chuo-ku, Kobe, 650-0047, Japan)
資料名： Molecular Ecology Resources  (Molecular Ecology Resources)
巻： 17  号： 2  ページ： 324-333  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2685A  ISSN： 1755-098X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 最近開発された環境DNA(eDNA)解析は,遺伝的マーカーとしてのミトコンドリアDNA(mtDNA)を用いて水生脊椎動物の分布を推定した。しかし,mtDNAマーカーは種々のコピー数と母性遺伝のようなある種の欠点を持っている。本研究では,コイ(Cyprinus carpio)を用いてe DNA解析のためのより信頼性のある遺伝的マーカーとしての核DNA(ncDNA)を使用することの可能性を検討した。種々のコイ組織におけるmtDNAのチトクロームB(CytB)遺伝子領域とncDNAのリボソームDNAの内部転写スペーサー1(ITS1)領域のコピー数を測定し,eDNA試料におけるこれらのマーカーの検出能を比較した。脳及びえら組織および腸内容物から抽出したDNAでは,CytBは細胞当り95.1±10.7(平均値±1標準偏差),29.7±1.59および24.0±4.33コピーで検出され,それぞれ,ITS1は細胞当たり1760±343;2880±503および1910±352コピーで検出された。メソコスム,湖沼水からのeDNA試料では,ITS1のコピー数は,CytBのそれらより約160%,300%および150倍であった。定量に必要な池の水の最小体積はITS1とCytBの33と100mLであった。これらの結果は,ITS1はC.carpioのeDNA研究のためのより高感度な遺伝的マーカーであることを示唆した。Copyright 2017 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 標準偏差 ,  *DNA【核酸】 ,  *高感度 ,  リアルタイムPCR法 ,  遺伝子 ,  信頼性 ,  コピー数 ,  湖沼水
準シソーラス用語： 検出能 ,  核DNA ,  母性遺伝 ,  ミトコンドリアDNA ,  *ITS1 ,  *遺伝子マーカ ,  *環境DNA , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： チトクロームb(CytBと) ,  環境DNA(eDNA) ,  内部転写スペーサー1(ITS1) ,  ミトコンドリアDNA(mtDNA) ,  核DNA(ncDNA) ,  リアルタイムPCR

分類 (2件)： 魚類  (FH02020K) ,  動物に対する影響  (EE05040R)

タイトルに関連する用語 (8件)： コイ ,  Cyprinus ,  環境DNA ,  研究 ,  高感度 ,  遺伝的マーカー ,  核 ,  内部転写スペーサー1