文献

J-GLOBAL ID：201702286543477037   整理番号：17A1238874

活性部位システインのプロトン化状態とPorphyromonas gingivalisペプチジルアルギニンデイミナーゼのシトルリン化機構への理論的洞察【Powered by NICT】

Theoretical insights into the protonation states of active site cysteine and citrullination mechanism of Porphyromonas gingivalis peptidylarginine deiminase

著者 (5件)： Zhao Chenxiao (School of Chemistry and Chemical Engineering, Shandong University, Jinan, Shandong, 250100, China) ,  Ling Baoping (School of Chemistry and Chemical Engineering, Shandong University, Jinan, Shandong, 250100, China) ,  Dong Lihua (School of Chemistry and Chemical Engineering, Shandong University, Jinan, Shandong, 250100, China) ,  Dong Lihua (School of Chemistry and Chemical Engineering, Qilu Normal University, Jinan, Shandong, 250013, China) ,  Liu Yongjun (School of Chemistry and Chemical Engineering, Shandong University, Jinan, Shandong, 250100, China)
資料名： Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics  (Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics)
巻： 85  号： 8  ページ： 1518-1528  発行年： 2017年 
JST資料番号： T0761A  ISSN： 0887-3585  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Porphyromonas gingivalisペプチジルアルギニンデイミナーゼ(PPAD)はペプチジルアルギニンのシトルリン化,関節リウマチ(RA)と遺伝子調節において重要な役割を果たすを触媒する。PPADのシトルリン化機構をより良く理解するために,活性部位システインのプロトン化状態,グアニジノ基修飾酵素スーパーファミリーのメンバーの間,論争のテーマであることを確立する必要がある。本研究では,最初の二状態:状態N(両C351とH236は中性)と状態I(チオラートイミダゾリウムイオン対として存在する両残基)との間の変換を検討し,ペプチジルアルギニンのシトルリン化反応を調べ,QM/MM法を用いた。状態Nは状態I8.46kcal/molよりも安定であることを計算し,状態Nは基質支援プロトン移動の二段階による状態Iへ変態することができる。ペプチジルアルギニンのシトルリン化は脱アミノ,加水分解を含んでいる。状態Nから出発して,脱アミノ反応は18.82kcal/molのエネルギー障壁に対応している。脱プロトン化C351は基板への求核攻撃を開始し,これは脱アミノ反応のための重要なステップである。加水分解反応は二化学段階を含んでいる。脱プロトン化D238とH236は塩基は加水分解水,類似のエネルギー障壁(~17kcal/mol)に対応することを活性化するとして作用することができる。計算に基づいて,C351,D238,H236は触媒三つ組を構成し,それらのプロトン化状態は脱アミノ化と加水分解プロセスの両方に重要である。配列類似性を考慮して,これらの知見はヒトPAD1PAD4と他のグアニジノ基修飾酵素と共有される可能性がある。Copyright 2017 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： イオン対 ,  脱アミノ ,  触媒 ,  加水分解 ,  酵素 ,  *活性部位 ,  ヒト ,  *プロトン化 ,  プロトン移動 ,  遺伝的調節 ,  脱プロトン ,  脂肪族アミン ,  チオール ,  脂肪族カルボン酸 ,  含硫アミノ酸 ,  第一アミン
準シソーラス用語： エネルギー障壁 ,  *ペプチジルアルギニンデイミナーゼ ,  *Porphyromonas gingivalis , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： シトルリン化 ,  deamination ,  hydrolysis ,  デイミナーゼ

分類 (1件)： 分子構造  (EB03020Y)

物質索引 (1件)： システイン

タイトルに関連する用語 (8件)： 活性部位 ,  システイン ,  プロトン化 ,  Porphyromonas ,  ペプチジルアルギニンデイミナーゼ ,  シトルリン化 ,  理論 ,  洞察