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J-GLOBAL ID：201702286742734015   整理番号：17A1551274

黒海におけるVarna湾における有害藻類のモニタリングに対する大規模並行配列決定の適用性【Powered by NICT】

Applicability of massively parallel sequencing on monitoring harmful algae at Varna Bay in the Black Sea

著者 (5件)： Dzhembekova Nina (Institute of Oceanology, Bulgarian Academy of Sciences, First May street 40, 152, Varna 9000, Bulgaria) ,  Urusizaki Shingo (AXIOHELIX Co. Ltd., 5-11 Hakozaki, Nihonbashi, Chuouku 103-0015, Tokyo, Japan) ,  Moncheva Snejana (Institute of Oceanology, Bulgarian Academy of Sciences, First May street 40, 152, Varna 9000, Bulgaria) ,  Ivanova Petya (Institute of Oceanology, Bulgarian Academy of Sciences, First May street 40, 152, Varna 9000, Bulgaria) ,  Nagai Satoshi (Research Center for Aquatic Genomics, National Research Institute of Fisheries Science, 2-12-4 Fukuura, Kanazawa-ku, Yokohama, Kanagawa 236-8648, Japan)
資料名： Harmful Algae  (Harmful Algae)
巻： 68  ページ： 40-51  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2138A  ISSN： 1568-9883  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Varna湾(西黒海における)からの13種の環境試料中のプランクトン多様性は超並列シークエンシング(MPS)を用いて解析した。この予備的研究は,黒海におけるモニタリングプログラムへ将来実装するための本技術の可能性を評価した。18S rRNA遺伝子(V45領域)のアンプリコン配列はIllumina MiSeq250Peプラットフォームを用いて得られた。全1137操作的分類単位(OTU)はその中で>0.990BLAST242OTUトップヒット類似性(検出された全てのOTUの21.3%)は,原生生物に属する配列と密接に関連している得られた。大部分(175 OTUs=72.3%)は,種レベル,ブルガリアの黒海プランクトン群集に典型的な種を含む,多くはブルガリア黒海沿岸における以前に報告されていない(124 OTUs=51.2%)で同定した。渦鞭毛藻類は最も高い種数(77OTU原生生物種の31.8%を構成)で代表される支配的な属GyrodiniumとH eterocapsaであった。本調査は有害として記載されている12種の存在,そのうちのいくつかは以前に見落とされてきたことを明らかにした,Cochlodinium polykrikoides,Karenia bicuneiformis,Karlodinium veneficumなど。種の同定は,六種類の主要な超群において検出されるOTUsの10.3 36.0%が可能であった。Rhizariaの頻度は他の主要な群のそれ(p<0.05 0.01)よりも有意に低く,形態学に基づく観測からの分類が困難であることを意味している。metageneticデータは多くの属における種の同定のための18S rRNA遺伝子の不十分な分解能を示した。これらの問題は,プランクトンモニタリング,特に有害な藻類ブルーム(HAB)を検出するためのMPベースの調査の実施を妨げる可能性がある。配列決定技術は着実に向上している,配列の長さと品質問題は近い将来に解決されることが期待される。国際ヌクレオチド配列データベース(INSDs)における分類学的情報と品質管理を登録する進行中の努力は分類学的同定能力を改善するために必須である。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： ブルガリア共和国 ,  モルフォロジー ,  *黒海 ,  品質管理 ,  類似性 ,  プランクトン ,  ヌクレオチド配列 ,  渦鞭毛虫類 ,  遺伝子 ,  分解能 ,  データベース
準シソーラス用語： 分類学 ,  18SrRNA遺伝子 ,  原生生物 ,  18S rRNA , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： Metagenetics ,  MPS ,  操作分類単位 ,  真核生物多様性 ,  MiSeq ,  黒海 ,  ブルガリア海岸

分類 (2件)： 海洋汚濁  (SB02040B) ,  重金属とその化合物一般  (SB05021R)

タイトルに関連する用語 (6件)： 黒海 ,  有害藻類 ,  モニタリング ,  大規模 ,  並行 ,  適用性