特許
J-GLOBAL ID：201703004598180737
結合自由エネルギーの算出方法、及び結合自由エネルギーの算出装置、プログラム、並びに化合物のスクリーニング方法
発明者：
出願人/特許権者：
代理人 (1件)：
廣田 浩一
公報種別：特許公報
出願番号（国際出願番号）：特願2013-060097
公開番号（公開出願番号）：特開2014-186468
特許番号：特許第6186785号
出願日： 2013年03月22日
公開日（公表日）： 2014年10月02日
請求項（抜粋）：
【請求項1】 溶媒中における化合物とタンパク質との結合自由エネルギーの算出方法であって、
前記溶媒と前記化合物との溶媒和エネルギー(ΔG1)を分子動力学計算プログラムを用いて算出する第1の工程と、
前記化合物及び前記タンパク質が結合した結合状態(λ=0)と、非結合である非結合状態(λ=1)との間のエネルギー変化(ΔG2)を分子動力学計算プログラムを用いて算出する第2の工程とを含み、
前記第2の工程が、
前記結合状態(λ=0)の前記化合物及び前記タンパク質の距離に基づいて、構造サンプリングをする距離(Dth)を決定する処理と、
前記結合状態(λ=0)と前記非結合状態(λ=1)との間の状態であって、前記化合物と前記タンパク質との距離が前記距離(Dth)以下の距離である状態が存在する状態(λ=λm)について、前記距離(Dth)以下の距離の前記化合物と前記タンパク質との結合エネルギー変化(ΔG21)を算出する処理と、
前記非結合状態(λ=1)及び前記非結合状態(λ=1)と同一視できる状態(λ=λn)について、前記タンパク質の影響を無視して、前記溶媒と前記化合物との溶媒和エネルギー変化(ΔG23)を算出する処理と、
前記状態(λ=λm)と前記状態(λ=λn)との間の状態について、前記状態(λ=λm)及び前記状態(λ=λn)から補間して、前記化合物と前記タンパク質との結合エネルギー変化(ΔG22)を算出する処理と、
前記距離(Dth)から計算される空間の体積に基づいて、標準状態に対する補正項(ΔG24)を算出する処理とを含むことを特徴とする結合自由エネルギーの算出方法。
IPC (2件)：
G06F 19/16 ( 201 1.01)
, C40B 30/02 ( 200 6.01)
出願人引用 (5件)
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審査官引用 (5件)
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