山田大智

ヤマダダイチ | Yamada Daichi

所属機関・部署：
職名：助教
ホームページURL (1件)： https://ramanir311.wixsite.com/kubolabo-uoh

研究分野 (2件)：構造生物化学 , 生物物理学

研究キーワード (7件)：時間分解分光 , 光回復酵素・クリプトクロムファミリー , 生物物理学 , 酵素 , DNA修復 , 赤外分光法 , 光受容蛋白質

競争的資金等の研究課題 (3件)：

2021 - 2022 表面増強赤外分光法を用いた温度感受性チャネルの反応機構解明
2017 - 2020 データベース及び実験的手法を用いた光回復酵素/クリプトクロムファミリーの機能解析
2013 - 2016 赤外分光法による(6-4)光回復酵素の分子メカニズムの解明

論文 (14件)：

Daichi Yamada, Junpei Yamamoto, Elizabeth D. Getzoff, Tatsuya Iwata, Hideki Kandori. Structural Changes during the Photorepair and Binding Processes of Xenopus (6-4) Photolyase with (6-4) Photoproducts in Single- and Double-Stranded DNA. Biochemistry. 2021. 60. 43. 3253-3261
Takashi Nomura, Tetsunari Kimura, Yusuke Kanematsu, Daichi Yamada, Keitaro Yamashita, Kunio Hirata, Go Ueno, Hironori Murakami, Tamao Hisano, Raika Yamagiwa, et al. Short-lived intermediate in N2O generation by P450 NO reductase captured by time-resolved IR spectroscopy and XFEL crystallography. Proceedings of the National Academy of Sciences. 2021. 118. 21. e2101481118-e2101481118
Keiichi Inoue, Masayuki Karasuyama, Ryoko Nakamura, Masae Konno, Daichi Yamada, Kentaro Mannen, Takashi Nagata, Yu Inatsu, Hiromu Yawo, Kei Yura, et al. Exploration of natural red-shifted rhodopsins using a machine learning-based Bayesian experimental design. Communications biology. 2021. 4. 1. 362-362
Tatsuya Iwata, Daichi Yamada, Katsuhiro Mikuni, Kazuya Agata, Kenichi Hitomi, Elizabeth D Getzoff, Hideki Kandori. ATP binding promotes light-induced structural changes to the protein moiety of Arabidopsis cryptochrome 1. Photochemical & photobiological sciences : Official journal of the European Photochemistry Association and the European Society for Photobiology. 2020. 19. 10. 1326-1331
Yamauchi Y, Konno M, Yamada D, Yura K, Inoue K, Béjà O, Kandori H. Engineered Functional Recovery of Microbial Rhodopsin Without Retinal-Binding Lysine. Photochemistry and photobiology. 2019. 95. 5. 1116-1121

MISC (3件)：

YAMAUCHI Yumeka, KONNO Masae, YAMADA Daichi, YAMADA Daichi, YURA Kei, YURA Kei, INOUE Keiichi, INOUE Keiichi, BEJA Oded, KANDORI Hideki. レチナールを結合するリジンを保存しない微生物型ロドプシンの光応答性機能獲得. 生物物理(Web). 2019. 59. Supplement 1-2
D. Yamada, H. M. Dokainish, T. Iwata, J. Yamamoto, T. Ishikawa, T. Todo, S. Iwai, E. D. Getzoff, K. Yura, A. Kitao, et al. Function conversion between CPD and (6-4) photolyases. EUROPEAN BIOPHYSICS JOURNAL WITH BIOPHYSICS LETTERS. 2017. 46. S82-S82
D. Yamada, T. Iwata, J. Yamamoto, T. Ishikawa, E. D. Getzoff, T. Todo, S. Iwai, H. Kandori. Asymmetrical functional conversion of (6-4) photolyase and CPD photolyase. EUROPEAN BIOPHYSICS JOURNAL WITH BIOPHYSICS LETTERS. 2015. 44. S66-S66

講演・口頭発表等 (106件)：

Time-resolved microspectroscopic detection of a key intermediate in the UV-damaged DNA repair by (6-4) photolyase.
(Molecular Movies International Symposium 2022 2022)
時間分解顕微分光法による酵素タンパク質の分子メカニズム研究
(2022年度第2回光機能研究会 2022)
時間分解顕微分光法による構造ダイナミクス研究
(第35回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム 2022)
振動分光法を用いた部位選択的構造解析
(第3回技術・人材マッチング交流会 2021)
Microflow-flash UV-vis spectroscopic analysis of DNA photorepair reaction catalyzed by cryptochrome
(第 59 回日本生物物理学会年会 2021)

学歴 (3件)：

2013 - 2016 名古屋工業大学大学院博士後期課程工学研究科未来材料創成工学専攻
2011 - 2013 名古屋工業大学大学院博士前期課程工学研究科未来材料創成工学専攻
2007 - 2011 名古屋工業大学工学部生命物質工学科卒

学位 (1件)：

工学博士 (名古屋工業大学)

経歴 (5件)：

2021/04 - 現在兵庫県立大学大学院理学研究科助教
2019/04 - 2021/03 兵庫県立大学生命理学研究科助教
2017/04 - 2019/03 名古屋工業大学特任助教
2016/04 - 2017/03 お茶の水女子大学特任リサーチフェロー
2013/04 - 2016/03 独立行政法人日本学術振興会特別研究員(DC1)

委員歴 (2件)：

2019/06 - 2021/06 第47回生体分子科学討論会第47回生体分子科学討論会実行委員会
2014/01 - 2015/01 生物物理若手の会会長

受賞 (3件)：

2015/12 - 分子科学会分子科学会優秀ポスター賞
2014/08 - 日本光生物学協会日本光生物学協会ポスター賞
2011/03 - 日本生物物理学会中部支部最優秀発表賞金賞

所属学会 (2件)：

分子科学会 , 日本生物物理学会

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