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J-GLOBAL ID：201802211180134592   整理番号：18A0965373

ヒトtrans-作用因子間のモジュラー組合せ結合は直接及び間接因子結合を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Modular combinatorial binding among human trans -acting factors reveals direct and indirect factor binding

著者 (2件)： Guo Yuchun (MIT, Computer Science and Artificial Intelligence Laboratory, Cambridge, USA) ,  Gifford David K. (MIT, Computer Science and Artificial Intelligence Laboratory, Cambridge, USA)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 45  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】DNAへのトランス作用因子(TF)の組合せ結合は,遺伝子調節の空間的および時間的特異性に重要である。ある調節領域に対して,1つの調節モジュール(一緒に結合するTFのセット)を組み合わせて,文脈特異的遺伝子調節を達成した。しかしながら,以前のアプローチは,ペアワイズTF共相関分析に限られているか,あるいは1つのモジュールのみが各規制領域に使用されると仮定している。結果:TF組合せ結合のモジュール構成をモデル化する新しい計算アプローチを提示した。著者らの方法は,トピックモデルを用いてin vivo結合データからコンパクトでコヒーレントな調節モジュールを学習する。K562細胞における115TFの結合は49の解釈可能モジュールに組織化できることを見出した。さらに,数千の規制領域が,以前のハードクラスタリングベースの方法では観察できない構造である複数のモジュールを使用することを見出した。このモジュールは多くの公表された蛋白質-蛋白質物理的相互作用を再現し,クロマチン状態の一貫した機能的アノテーションを有し,NFY+FOS+SPの遺伝子近位結合及びNFY+FOS+USFの遠位結合のような非被覆文脈特異的共結合を有する。あるTFに対して,直接結合(モチーフ存在)の共結合パートナーは間接結合(モチーフ不在)のそれらと異なる;共結合パートナーの異なるセットは,TFが直接または間接的に最大95%の精度で結合するかどうかを予測することができる。2つの細胞型にわたる接合解析は,細胞型特異的および共有調節モジュールの両方を明らかにした。【結論】著者らの結果は,包括的な細胞型特異的組合せ結合マップを提供し,組合せ結合のモジュール構成を示唆する。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アノテーション ,  タンパク質 ,  調節遺伝子 ,  K562細胞 ,  遺伝的調節 ,  クロマチン ,  DNA【核酸】 ,  *ヒト ,  モデリング ,  遺伝子 ,  相互作用
準シソーラス用語： 細胞型 ,  相関分析 ,  特異性 ,  トランス活性化因子 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 計算ゲノミクス ,  転写因子 ,  コンビナトリアル結合 ,  直接および間接結合 ,  トピックモデル

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (63件)：

• FASEB J; Generic binding sites, generic DNA-binding domains: where does specific promoter recognition come from?; AB Georges, BA Benayoun, S Caburet, RA Veitia; 24; 2010; 346-356; 10.1096/fj.09-142117; CR1;
• Nat Rev Genet; Transcription factors: from enhancer binding to developmental control; F Spitz, EEM Furlong; 13; 2012; 613-626; 10.1038/nrg3207; CR2;
• Hum Genet; The grammar of transcriptional regulation; S Weingarten-Gabbay, E Segal; 133; 2014; 701-711; 10.1007/s00439-013-1413-1; CR3;
• Trends Biochem Sci; Absence of a simple code: how transcription factors read the genome; M Slattery, T Zhou, L Yang, AC Dantas Machado, R Gordân, R Rohs; 39; 2014; 381-399; 10.1016/j.tibs.2014.07.002; CR4;
• Science; Regulation of a segmentation stripe by overlapping activators and repressors in the drosophila embryo; D Stanojevic, S Small, M Levine; 254; 1991; 1385-1387; 10.1126/science.1683715; CR5;

タイトルに関連する用語 (4件)： ヒト ,  因子 ,  組合せ ,  間接