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J-GLOBAL ID：201802215050490716   整理番号：18A0053510

遺伝学と育種応用のためのイネ6K SNP配列の大規模配置

Large-scale deployment of a rice 6 K SNP array for genetics and breeding applications

著者 (19件)： THOMSON Michael J. (Texas A&M Univ.) ,  SINGH Namrata (Cornell Univ.) ,  DWIYANTI Maria S. (International Rice Res. Inst.) ,  DWIYANTI Maria S. (Hokkaido Univ.) ,  WANG Diane R. (Cornell Univ.) ,  WRIGHT Mark H. (Cornell Univ.) ,  WRIGHT Mark H. (Stanford School of Medicine) ,  PEREZ Francisco Agosto (Cornell Univ.) ,  DECLERCK Genevieve (Cornell Univ.) ,  DECLERCK Genevieve (DeClerck Design, LLC) ,  CHIN Joong Hyoun (International Rice Res. Inst.) ,  CHIN Joong Hyoun (Sejong Univ.) ,  MALITIC-LAYAOEN Geraldine A. (International Rice Res. Inst.) ,  JUANILLAS Venice Margarette (International Rice Res. Inst.) ,  DILLA-ERMITA Christine J. (International Rice Res. Inst.) ,  DILLA-ERMITA Christine J. (Washington State Univ.) ,  MAULEON Ramil (International Rice Res. Inst.) ,  KRETZSCHMAR Tobias (International Rice Res. Inst.) ,  MCCOUCH Susan R. (Cornell Univ.)
資料名： Rice (Web)  (Rice (Web))
巻： 10  号： 1  ページ： 10:40 (WEB ONLY)  発行年： 2017年12月 
JST資料番号： U7002A  ISSN： 1939-8425  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： (バックグラウンド)単一ヌクレオチド多型(SNP)マーカーの固定配列はデータ解析の容易な利用,一貫した高コールレート,および短い所要時間の配列決定表現を減少できる利点をもつ。6K SNP配列はイネのルーチン遺伝学と育種応用のための費用便益”スイートスポット”を表す。種のインフォーマティブSNP類の選択とチップ設計中の亜集団はターゲット生殖質集団の有用な多形レートを得るための基本である。(結果)イネのIlluminaインフィニウム6K SNPチップの設計は6K_アレイ_インフィニウム_イネ(C6AIR)であり,再配列データの4429SNP類を含み,以前のBeadXpress384-SNPセットの1571SNPマーカーも含み,ターゲット生殖質集団間の多型レートと対立遺伝子頻度に基づいて選択された。6000の試行ビーズタイプのうち,5274はIlluminaの生産品質制御をパスした。C6AIRは国際稲研究機関(IRRI)に遺伝学多様性分析,QTL写像,および遺伝子移入追跡のために広く配置され,O.sativaとO.rufipogonまたはO.meridionalisの多種系統間の種間染色体セグメント置換系統(CSSL)のライブラリ開発とQTL解析にコーネル大学において使用されている。集団的に,配列は40,000以上のイネ試料の遺伝子型に対して使用されている。4606SNPマーカー類のセットを用いて,O.sativa生殖質のための高品質データを与え,また,4940SNP類の拡張がO.sativaのために使用されている。二親性多型レートは一般的に1900と2500の分布SNPマーカー間にあり,インディカxジャポニカまたは種間集団に,1300と1500マーカー間はインディカ内にあり,多型レートはU.S.熱帯ジャポニカ生殖質内の対より低い。最近,7000SNPマーカー類を含む第二世代配列,C7AIRから不十分な性能のSNP類を除去することにより設計され,選択した付加マーカー類は精英熱帯ジャポニカ材料の配列利用を増加させた。(結論)C6AIRはイネの多種遺伝学と育種応用のために迅速,高品質遺伝子型発生させ,C7AIRの最適設計のための基礎を与えた。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *イネ ,  *一塩基多型 ,  *作物育種 ,  DNAマーカー ,  ヌクレオチド配列 ,  データ解析 ,  遺伝学 ,  遺伝資源 ,  対立遺伝子 ,  遺伝子導入 ,  系統差 ,  染色体 ,  遺伝子型 ,  *遺伝学実験技術 ,  *遺伝子地図
準シソーラス用語： ジャポニカ米 ,  Oryza rufipogon ,  *遺伝子型決定 ,  染色体断片置換系統

分類 (3件)： 稲作  (FC03020C) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  遺伝学研究法  (EC01020N)

タイトルに関連する用語 (6件)： 遺伝学 ,  育種 ,  応用 ,  イネ ,  SNP ,  大規模