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J-GLOBAL ID：201802220714288851   整理番号：18A1292893

定量的ウイルス群集DNA分析は日本,東北からの沖合上部深海堆積物における一本鎖DNAウイルスの優位性を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Quantitative Viral Community DNA Analysis Reveals the Dominance of Single-Stranded DNA Viruses in Offshore Upper Bathyal Sediment from Tohoku, Japan

著者 (12件)： Yoshida Mitsuhiro (Department of Subsurface Geobiological Analysis and Research, Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology) ,  Mochizuki Tomohiro (Project Team for Analyses of Changes in East Japan Marine Ecosystems, Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology) ,  Mochizuki Tomohiro (Earth-Life Science Institute, Tokyo Institute of Technology) ,  Urayama Syun-Ichi (Research and Development Center for Marine Biosciences, Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology) ,  Yoshida-Takashima Yukari (Department of Subsurface Geobiological Analysis and Research, Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology) ,  Nishi Shinro (Research and Development Center for Marine Biosciences, Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology) ,  Hirai Miho (Research and Development Center for Marine Biosciences, Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology) ,  Nomaki Hidetaka (Project Team for Analyses of Changes in East Japan Marine Ecosystems, Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology) ,  Nomaki Hidetaka (Department of Biogeochemistry, Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology) ,  Takaki Yoshihiro (Department of Subsurface Geobiological Analysis and Research, Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology) ,  Nunoura Takuro (Research and Development Center for Marine Biosciences, Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology) ,  Takai Ken (Department of Subsurface Geobiological Analysis and Research, Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology)
資料名： Frontiers in Microbiology (Web)  (Frontiers in Microbiology (Web))
巻： 9  ページ： 75  発行年： 2018年 
JST資料番号： U7080A  ISSN： 1664-302X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 海洋環境ウイルス学に関する以前の研究は,主に二本鎖DNA(dsDNA)ウイルスに焦点を当ててきた。しかしながら,最近,一本鎖DNA(ssDNA)ウイルスが海洋生態系においてより豊富であることが示唆されている。本研究では,東北,日本(水深=500m)からの沖合上部深海堆積物におけるssDNAとdsDNAウイルスの相対存在量と組成を推定するために,定量的ウイルス群集DNA分析を行った。推定されたdsDNAウイルス量は3×10~6から5×10~6ゲノムコピーの範囲であり,蛍光に基づく直接ウイルス数の範囲に類似した値を示した。対照的に,推定されたssDNAウイルス量は1×10~8~3×10~9ゲノムコピーの範囲にあり,その結果,ssDNAウイルス集団は底生全DNAウイルス集団の96.3~99.8%を占めると推定された。ssDNAウイルスメタゲノムにおいて,同定されたウイルス配列の大部分は,CircoviridaeおよびMicroviridaeのようなssDNAウイルスファミリーと関連していた。堆積性ssDNAウイルスメタゲノムライブラリーからのssDNAウイルス配列成分の主成分分析は,研究サイトにおける異なる深さのウイルスコミュニティが他の参照サイトにおける深海堆積物と比較して類似のプロファイルを示すことを見出した。著者らの結果は深海底のssDNAウイルスが従来の直接ウイルス数によって有意に過小評価されており,深海底微生物の死亡率と地球化学的サイクルへのそれらの寄与はそのような新しい定量的アプローチによってさらに対処されるべきであることを示唆した。Copyright 2018 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ゲノム ,  死亡率 ,  *深海堆積物 ,  海洋環境 ,  地球化学 ,  主成分分析 ,  *一本鎖DNA ,  *日本 ,  水深 ,  蛍光 ,  シルコウイルス科 ,  *DNAウイルス ,  深海底 ,  海洋生態系 ,  *微生物
準シソーラス用語： *沖合 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 深海堆積物 ,  一本鎖DNAウイルス ,  ゲノム定量化 ,  海洋微生物学 ,  メタゲノミクス

分類 (1件)： ウイルスの形態学,分類学  (EG04020U)

タイトルに関連する用語 (9件)： 定量 ,  ウイルス ,  群集 ,  DNA分析 ,  日本 ,  沖合 ,  深海堆積物 ,  一本鎖DNA ,  優位性