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J-GLOBAL ID：201802225326656924   整理番号：18A1211411

アルギン酸同化細菌Flavobacterium sp.株UMI-01における2-ケト-3-デオキシ-D-グルコナートキナーゼと2-ケト-3-デオキシ-D-ホスホグルコン酸アルドラーゼの同定【JST・京大機械翻訳】

Identification of 2-keto-3-deoxy-d-Gluconate Kinase and 2-keto-3-deoxy-d-Phosphogluconate Aldolase in an Alginate-Assimilating Bacterium, Flavobacterium sp. Strain UMI-01

著者 (3件)： Nishiyama Ryuji (Laboratory of Marine Biotechnology and Microbiology, Faculty of Fisheries Sciences, Hokkaido University, Hakodate, Hokkaido 041-8611, Japan) ,  Inoue Akira (Laboratory of Marine Biotechnology and Microbiology, Faculty of Fisheries Sciences, Hokkaido University, Hakodate, Hokkaido 041-8611, Japan) ,  Ojima Takao (Laboratory of Marine Biotechnology and Microbiology, Faculty of Fisheries Sciences, Hokkaido University, Hakodate, Hokkaido 041-8611, Japan)
資料名： Marine Drugs (Web)  (Marine Drugs (Web))
巻： 15  号： 2  ページ： 37  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7236A  ISSN： 1660-3397  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 最近,BacteroidetesのメンバーであるFlavobacterium sp.株UMI-01のゲノムにおけるアルギン酸同化遺伝子クラスターを同定した。クラスタにおけるアルギン酸リアーゼ遺伝子と4-デオキシ-L-erythro-5-ヘキソース酸(DEH)レダクターゼ遺伝子は既に特性化されている。しかしながら,2-ケト-3-デオキシ-D-グルコナート(KDG)キナーゼおよび2-ケト-3-デオキシ-6-ホスホグルコン酸(KDPG)アルドラーゼ遺伝子,すなわち,flkinおよびflaldはまだ特性化されていない。flkinとflaldから推定されたアミノ酸配列は,Proteobacteriaのメンバー(Kimら,Process Biochem,2016)というSaccharoophus dystans 2-40Tの対応する酵素のそれらと低い同一性を示した。これはBacteroidetes種のDEH同化酵素がProteobacteria種のそれらからいくらか逸脱していると考えた。したがって,本研究では,最初に,菌株UMI-01のKDGキナーゼおよびKDGアルドラーゼの一次構造における特性を評価し,大腸菌発現系によって発現された組換え酵素,recFlKinおよびrecFlAldの酵素的性質を調べた。いくつかのProteobacteriaとBacteroidetes種からのKDGキナーゼとKDGアルドラーゼ間の多重配列アラインメントは,菌株UMI-01酵素がProteobacteria酵素とかなり低い配列同一性(15%~25%)を示したが,Bacteroidetes酵素と比較的高い同一性(47%~68%)を示した。これらの酵素に対する系統発生分析は,Proteobacteria酵素とBacteroidetes酵素の間の遠い関係を示した。すなわち,遺伝子flkinとflaldにより生産された系統樹においてそれぞれ異なるクラスターを形成し,KDGキナーゼとKDPGアルドラーゼ活性を示すことを確認した。すなわち,recFlKinは2.5mMのKDGと2.5mMのATPを含む反応混合物中で90分の反応で1.7mMのKDPGを生成したが,recFlAldは平衡状態で5mMのKDPGを含む反応混合物中で1.2mMのピルビン酸を生成した。recFlKin,recFlAld,および以前に報告されたアルギン酸リアーゼおよびUMI-01株のDEHレダクターゼから構築されたin vitroアルギン酸代謝系は,アルギン酸をピルビン酸およびグリセルアルデヒド-3-ホスファートに38%の効率で変換できた。Copyright 2018 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *アルドラーゼ ,  ゲノム ,  酵素 ,  キャラクタリゼーション ,  in vitro実験 ,  系統樹 ,  大腸菌 ,  代謝 ,  クラスタ ,  *アルギン酸 ,  アミノ酸配列 ,  *Flavobacterium ,  レダクターゼ
準シソーラス用語： プロテオバクテリア ,  バクテロイデス門 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (8件)： アルギン酸塩分解 ,  4-デオキシ-<Spanスタイル=”フォント-バリアント:小キャップ; L-erythro-5-ヘキソースウロン酸(DEH)代謝 ,  Bacteroidetes ,  Proteobacteria ,  Flavobacterium ,  2-ケト-3-デオキシ-<Spanスタイル=”フォント-バリアント:小キャップ; D-グルコン酸(KDG)キナーゼ ,  2-ケト-3-デオキシ-6-ホスホグルコン酸(KDPG)アルドラーゼ ,  アルギン酸由来の製品

分類 (1件)： 酵素一般  (EB09010D)

引用文献 (53件)：

• Haug, A.; Larsen, B.; Smidsrod, O. Studies on the sequence of uronic acid residues in alginic acid. Acta Chem. Scand. 1967, 21, 691-704.
• Gacesa, P. Alginates. Carbohydr. Polym. 1988, 8, 161-182.
• Wong, T.Y.; Preston, L.A.; Schiller, N.L. Alginate lyase: Review of major sources and enzyme characteristics, structure-function analysis, biological roles, and applications. Annu. Rev. Microbiol. 2000, 54, 289-340.
• Tomoda, Y.; Umemura, K.; Adachi, T. Promotion of barley root elongation under hypoxic conditions by alginate lyase-lysate (A.L.L.). Biosci. Biotechnol. Biochem. 1994, 58, 202-203.
• Xu, X.; Iwamoto, Y.; Kitamura, Y.; Oda, T.; Muramatsu, T. Root growth-promoting activity of unsaturated oligomeric uronates from alginate on carrot and rice plants. Biosci. Biotechnol. Biochem. 2003, 67, 2022-2025.

タイトルに関連する用語 (8件)： アルギン酸 ,  同化 ,  細菌 ,  Flavobacterium ,  株 ,  酸 ,  アルドラーゼ ,  同定