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J-GLOBAL ID：201802227677759934   整理番号：18A0469315

CASP予測の生物学的および機能的関連性【Powered by NICT】

Biological and functional relevance of CASP predictions

著者 (15件)： Liu Tianyun (Department of Bioengineering, Stanford University, Stanford, California) ,  Ish-Shalom Shirbi (Biomedical Informatics Training Program, Stanford University, Stanford, California) ,  Torng Wen (Department of Bioengineering, Stanford University, Stanford, California) ,  Lafita Aleix (Laboratory of Biomolecular Research, Paul Scherrer Institute, Villigen, Switzerland) ,  Lafita Aleix (Department of Biosystems Science and Engineering, ETH Zurich, 4058, Basel, Switzerland) ,  Bock Christian (Department of Biomedical Informatics and Medical Education, University of Washington, Seattle, Washington) ,  Bock Christian (Heidelberg University, Heidelberg, Germany) ,  Mort Matthew (Institute of Medical Genetics, Cardiff University, United Kingdom) ,  Cooper David N (Institute of Medical Genetics, Cardiff University, United Kingdom) ,  Bliven Spencer (Laboratory of Biomolecular Research, Paul Scherrer Institute, Villigen, Switzerland) ,  Bliven Spencer (National Center for Biotechnology Information, National Library of Medicine, National Institutes of Health, Bethesda, Maryland) ,  Capitani Guido (Laboratory of Biomolecular Research, Paul Scherrer Institute, Villigen, Switzerland) ,  Capitani Guido (Department of Biology, ETH Zurich, Zurich, Switzerland) ,  Mooney Sean D. (Department of Biomedical Informatics and Medical Education, University of Washington, Seattle, Washington) ,  Altman Russ B. (Department of Bioengineering, Stanford University, Stanford, California)
資料名： Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics  (Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics)
巻： 86 Suppl S1  ページ： 374-386  発行年： 2018年 
JST資料番号： T0761A  ISSN： 0887-3585  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 著者らの目標は以下の質問に答えることである:実験的構造とを比較して,機能的アノテーションのための予測モデルの有用性,予測と実験的構造上の機能的特性化のための一連の方法の性能を比較することにより,予測モデルの機能的有用性を評価した。機能評価を行うために25蛋白質標的における28部位を同定した。これら28地点は既知の配位子結合(ホロサイト)と九地点,小分子結合(アポ部位)の実験著者らが予想される(あるいは示唆される九部位,および重要な疾患関連突然変異を有する重要なモチーフ,ループ,または重要な残基を含む十部位を含んでいた。実験構造への微小環境を比較することにより予測の有用性を評価した。全体として構造品質は機能的有用性と相関していた。しかし,最も良いランクの予測(大域的)が最良の機能的品質を持たないかもしれない(局所的)。著者らの評価は,高い構造品質と予測との間を区別する能力を提供する。リガンド結合部位を評価するとき,最も予測法はホロサイトよりもアポサイト上でより高い性能を示した。サーバは,ある種の機能部位の一貫して高い性能を示した。最後に,多くの機能部位は蛋白質-蛋白質相互作用と関連している。活性部位は蛋白質-蛋白質界面に及んだが,二ターゲットの蛋白質集合体からの生物学的に関連する特徴を分析した。組立ターゲットに対しては,著者らは,モデルの特徴は,主にテンプレートの選択によって決定されることを見出した。Copyright 2018 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 予測技法 ,  小分子 ,  結合部位 ,  アノテーション ,  品質 ,  活性部位 ,  突然変異 ,  タンパク質 ,  *予測 ,  予測モデル ,  キャラクタリゼーション
準シソーラス用語： 蛋白質集合 ,  蛋白質間相互作用 ,  リガンド結合ドメイン ,  微小環境 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 蛋白質構造予測 ,  機能的関連性 ,  microenvironment ,  結合部位 ,  CASP

分類 (1件)： 分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (2件)： 予測 ,  生物学