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J-GLOBAL ID：201802229644795544   整理番号：18A0965845

植物の免疫受容体レパートリーの特性化のための標的化された長い読み取り配列法の比較分析【JST・京大機械翻訳】

Comparative analysis of targeted long read sequencing approaches for characterization of a plant’s immune receptor repertoire

著者 (8件)： Giolai Michael (Earlham Institute (EI), Norwich, UK) ,  Paajanen Pirita (Earlham Institute (EI), Norwich, UK) ,  Paajanen Pirita (John Innes Centre, Norwich, UK) ,  Verweij Walter (Earlham Institute (EI), Norwich, UK) ,  Witek Kamil (The Sainsbury Laboratory, Norwich, UK) ,  Jones Jonathan D. G. (The Sainsbury Laboratory, Norwich, UK) ,  Clark Matthew D. (Earlham Institute (EI), Norwich, UK) ,  Clark Matthew D. (School of Environmental Sciences, University of East Anglia, Norwich, UK)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 564  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】Oxfordナノ細孔技術ミニイオンサは小型,携帯型,低コスト装置であり,すべてのサイズの研究室にアクセス可能であり,現場内の配列実験に魅力的である。作物の選択的育種は,遺伝的多様性の減少をもたらし,野生の近縁種は,通常,NLR免疫受容体をコードする遺伝子を介して,病原体に対する新しい遺伝的耐性の重要な供給源である。最近の研究により,作物NLRレパートリーがIllinaまたはPacBio(RenSeq)の配列決定のためにどのように標的化され,特異的遺伝子輸送病原体抵抗性が同定されるかを示した。【結果】ミニオンラン当たりの配列収率は,Illuminaより低く,効率的なアプローチを目標とした。ミニオンはPacBioに類似した長い読み取りを生成するが,下流の生物情報学的課題を示す高精度のマルチパスコンセンサスリードを生成しない。ここでは,ミニイオンのデータがPacBioに類似の結果を達成するRenSeqに対してどのように使用できるか,また新しいNLR遺伝子融合がナノ細孔RenSeqパイプラインを介して同定できるかを示した。【結論】記述されたライブラリー調製および生物情報科学法は,他の遺伝子ファミリーまたは標的化された長いDNAフラグメント・ナノ細孔配列決定プロジェクトに適用されるべきである。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝 ,  遺伝子 ,  育種 ,  遺伝子融合 ,  病原体 ,  *キャラクタリゼーション ,  タンパク質 ,  農作物 ,  *ターゲティング
準シソーラス用語： DNAフラグメント ,  遺伝子ファミリー ,  バイオインフォマティクス ,  近縁種 ,  ナノ細孔 ,  *免疫受容体 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (11件)： 標的捕捉 ,  遺伝子富化 ,  Oxfordナノポア技術 ,  ミニイオン ,  PacBio ,  Renseq ,  R遺伝子 ,  NLR ,  耐性遺伝子 ,  耐性蛋白質 ,  NLR遺伝子融合

分類 (2件)： 遺伝子操作  (EC02050B) ,  作物の品種改良  (FC02030G)

引用文献 (44件)：

• Mol Plant; Signaling mechanisms in pattern-triggered immunity (PTI); J Bigeard, J Colcombet, H Hirt; 8; 2015; 521-539; 10.1016/j.molp.2014.12.022; CR1;
• Nat; Plant pathogens and integrated defence responses to infection; JL Dangl, JD Jones; 411; 2001; 826-833; 10.1038/35081161; CR2;
• Nat; The plant immune system; JDG Jones, JL Dangl; 444; 2006; 323-329; 10.1038/nature05286; CR3;
• Jones JDG, Vance RE, Dangl JL. Intracellular innate immune surveillance devices in plants and animals. Sci. 2016;354:aaf6395-5.
• Nat Biotechnol; Resistance from relatives; A Bent; 34; 2016; 620-621; 10.1038/nbt.3591; CR5;

タイトルに関連する用語 (6件)： 植物 ,  免疫受容体 ,  特性化 ,  標的化 ,  読み取り ,  比較分析