文献

J-GLOBAL ID：201802232880212687   整理番号：18A1479360

スギの遺伝的地域性識別のためのSNPパネルの開発と利用

Development and utilization of a SNP panel for identification of the geographic origin of Cryptomeria japonica

著者 (2件)： 内山憲太郎 (森林総合研) ,  松本麻子 (森林総合研)
資料名： 森林総合研究所研究報告  (Bulletin of the Forestry and Forest Products Research Institute)
巻： 17  号： 2  ページ： 141-148  発行年： 2018年06月 
JST資料番号： F0976B  ISSN： 0916-4405  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 日本 (JPN)  言語： 日本語 (JA)

抄録/ポイント： スギは日本の最も重要な林業樹種であり,その植栽面積は日本の人工林の44%に及ぶ。これまでの遺伝解析から,スギには4つの系統地理学的なグループが存在することが明らかになっている。一般的に,造林時にはそれぞれの地域環境に適応している地域性種苗の利用が遺伝子汚染の観点からも推奨される。しかしながら,スギは集団間の遺伝的分化度が極めて低く,地域の遺伝的グループを明らかにするために,ゲノム内からランダムに選んだ場合には数千のDNAマーカーが必要であった。そこで本研究では,このスギの4つの遺伝的グループを識別可能な最小セットの一塩基多型(SNP)パネルを作成することを目的とする。スギのゲノム上での位置が明らかな2500座のSNPのうち,ゲノム全体から均等に288SNPを選抜し,SNPパネルを構築した。作成したパネルを用いて天然林234個体18集団を解析した結果,そのうちの257座において遺伝子型が決定できた。また,スギの4つの遺伝的グループを明瞭に識別でき,識別能が数千のSNPマーカーを用いた場合と遜色ないことが示された。開発したSNPパネルにより屋久島に植栽された由来不明の人工林のサンプルを解析した結果,屋久島と同じ遺伝的グループに属することを明らかにできた。これらの結果から,今回開発したSNPパネルは,スギの地理的変異の識別や,由来不明な個体の地理的由来を確認することに有用であると考えられた。(著者抄録)

シソーラス用語： *ゲノムワイド関連解析 ,  スギ ,  *針葉樹林 ,  *人工林 ,  解析 ,  DNAマーカー ,  一塩基多型 ,  遺伝子型 ,  *スギ人工林 ,  地理的変異 ,  遺伝的変異 ,  遺伝子構造 ,  遺伝子解析
準シソーラス用語： 変異 ,  *ゲノムワイド相関解析 ,  遺伝構造 ,  遺伝解析 ,  単一塩基多型

分類 (1件)： 森林植物学  (FF02020E)

引用文献 (33件)：

• Akhunov, E., Nicolet, C. and Dvorak, J. (2009) Single nucleotide polymorphism genotyping in polyploid\nwheat with the Illumina GoldenGate assay. Theor. Appl. Genet., 119, 507-517.
• Alberto, F. J., Aitken, S. N., Alía, R., González-Martínez, S. C., Hänninen, H., Kremer, A., Lefèvre, F. , Lenormand, T., Yeaman, S. and Whetten, R. (2013) Potential for evolutionary responses to climate change-evidence from tree populations. Global Change Biol., 19, 1645-1661.
• Altshuler, D., Brooks, L., Chakravarti, A., Collins, F., Daly, M. and Donnelly, P. (2005) A haplotype map of the human genome. Nature, 437, 1299-1320.
• Chen, X. and Sullivan, P. F. (2003) Single nucleotide polymorphism genotyping: biochemistry, protocol, cost and throughput. Pharmacogenomics J., 3, 77-96.
• Evanno, G., Regnaut, S. and Goudet, J. (2005) Detecting the number of clusters of individuals using the software STRUCTURE: a simulation study. Mol. Ecol., 14, 2611-2620.

タイトルに関連する用語 (5件)： スギ ,  地域性 ,  識別 ,  SNP ,  開発