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J-GLOBAL ID：201802234131888800   整理番号：18A0965705

SmartSVAによるエピゲノム規模会合研究における細胞混合物の迅速かつロバストな調整【JST・京大機械翻訳】

Fast and robust adjustment of cell mixtures in epigenome-wide association studies with SmartSVA

著者 (8件)： Chen Jun (Division of Biomedical Statistics and Informatics, Department of Health Sciences Research and Center for Individualized Medicine, Mayo Clinic, Rochester, USA) ,  Behnam Ehsan (Division of Biomedical Statistics and Informatics, Department of Health Sciences Research and Center for Individualized Medicine, Mayo Clinic, Rochester, USA) ,  Huang Jinyan (State Key Laboratory of Medical Genomics, Rui-jin Hospital & Shanghai Jiao Tong University School of Medicine, Shanghai, China) ,  Moffatt Miriam F. (Faculty of Medicine, National Heart & Lung Institute, Imperial College London, London, UK) ,  Schaid Daniel J. (Division of Biomedical Statistics and Informatics, Department of Health Sciences Research and Center for Individualized Medicine, Mayo Clinic, Rochester, USA) ,  Liang Liming (Department of Epidemiology, Harvard T.H. School of Public Health, Boston, USA) ,  Liang Liming (Department of Biostatistics, Harvard T.H. School of Public Health, Boston, USA) ,  Lin Xihong (Department of Biostatistics, Harvard T.H. School of Public Health, Boston, USA)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 413  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:エピゲノム関連研究を妨げる1つの問題は,精製された標的細胞が利用できない場合,細胞混合物による潜在的交絡である。細胞混合物の参照フリー調整は,その柔軟性と単純さのためにますます一般的になっている。しかし,既存の方法はまだ最適ではなく,偽陽性率の増加と統計的電力の減少が多くのシナリオで観察されている。【方法】著者らは,細胞混合物の迅速でロバストな参照フリー調整のために,最適化代理変数分析(SVA)法であるSmartSVAを開発する。SmartSVAは,明示的収束基準を課し,大規模データセットに対する計算効率を改善することにより,高度に混乱したシナリオの下で,従来のSVAの限界を修正する。【結果】従来のSVAと比較して,SmartSVAは,大きさの高速化とより良い偽陽性制御を達成した。それは,細胞混合物を捕捉するとき,信号を保護し,偽陽性を制御しながら,著しいパワー増加をもたらす。広範なシミュレーションと実際のデータ応用を通して,著者らは既存の方法よりSmartSVAのより良い性能を実証した。【結論】SmartSVAは,エピゲノム関連研究のための細胞混合物の参照フリー調整のための迅速でロバストな方法である。一般的な方法として,SmartSVAは,未知の変動源を捉えるための他のゲノム研究に適用できる。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 柔軟性 ,  高速化 ,  電力 ,  *ロバスト性 ,  最適化
準シソーラス用語： ゲノミクス ,  誤検出 ,  計算効率 ,  大規模データセット ,  偽陽性率 ,  *エピゲノム , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： エピゲノム全体の会合 ,  細胞混合物 ,  代理変数解析 ,  DNAメチル化

分類 (1件)： システム最適化手法  (IA02050Z)

引用文献 (29件)：

• Nat Biotechnol; Epigenome-wide association data implicate DNA methylation as an intermediary of genetic risk in rheumatoid arthritis; Y Liu, MJ Aryee, L Padyukov, MD Fallin, E Hesselberg, A Runarsson; 31; 2013; 142-147; 10.1038/nbt.2487; CR1;
• Environ Health Perspect; Identification of DNA methylation changes in newborns related to maternal smoking during pregnancy; CA Markunas, Z Xu, S Harlid, PA Wade, RT Lie, JA Taylor; 122; 2014; 1147-1153; CR2;
• PLoS One; Differential DNA Methylation in Purified Human Blood Cells: Implications for Cell Lineage and Studies on Disease Susceptibility; LE Reinius, N Acevedo, M Joerink, G Pershagen, S-E Dahlén, D Greco; 7; 2012; 10.1371/journal.pone.0041361; CR3;
• Nat Methods; Recommendations for the design and analysis of epigenome-wide association studies; KB Michels, AM Binder, S Dedeurwaerder, CB Epstein, JM Greally, I Gut; 10; 2013; 949-955; 10.1038/nmeth.2632; CR4;
• Hum Mol Genet; Grasping nettles: cellular heterogeneity and other confounders in epigenome-wide association studies; L Liang, WOC Cookson; 23; 2014; R83-R88; 10.1093/hmg/ddu284; CR5;

タイトルに関連する用語 (7件)： エピゲノム ,  規模 ,  会合 ,  研究 ,  細胞 ,  混合物 ,  ロバスト