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J-GLOBAL ID：201802234465667499   整理番号：18A0277491

PSSMしょ糖:特徴抽出のためのbigramへの位置特異的スコアリングマトリックスを用いたスクシニル化を正確に予測する【Powered by NICT】

PSSM-Suc: Accurately predicting succinylation using position specific scoring matrix into bigram for feature extraction

著者 (14件)： Dehzangi Abdollah (Department of Psychiatry, Carver College of Medicine, University of Iowa, Iowa, USA) ,  Lopez Yosvany (Department of Medical Science Mathematics, Medical Research Institute, Tokyo Medical and Dental University, Tokyo, Japan) ,  Lopez Yosvany (Laboratory for Medical Science Mathematics, RIKEN Center for Integrative Medical Sciences, Yokohama, Kanagawa, Japan) ,  Lal Sunil Pranit (School of Engineering & Advanced Technology, Massey University, New Zealand) ,  Taherzadeh Ghazaleh (School of Information and Communication Technology, Griffith University, Parklands Drive, Southport, Queensland 4215, Australia) ,  Michaelson Jacob (Department of Psychiatry, Carver College of Medicine, University of Iowa, Iowa, USA) ,  Sattar Abdul (School of Information and Communication Technology, Griffith University, Parklands Drive, Southport, Queensland 4215, Australia) ,  Sattar Abdul (Institute for Integrated and Intelligent Systems, Griffith University, Australia) ,  Tsunoda Tatsuhiko (Department of Medical Science Mathematics, Medical Research Institute, Tokyo Medical and Dental University, Tokyo, Japan) ,  Tsunoda Tatsuhiko (Laboratory for Medical Science Mathematics, RIKEN Center for Integrative Medical Sciences, Yokohama, Kanagawa, Japan) ,  Tsunoda Tatsuhiko (CREST, JST, Tokyo 113-8510, Japan) ,  Sharma Alok (Laboratory for Medical Science Mathematics, RIKEN Center for Integrative Medical Sciences, Yokohama, Kanagawa, Japan) ,  Sharma Alok (Institute for Integrated and Intelligent Systems, Griffith University, Australia) ,  Sharma Alok (School of Engineering & Physics, University of the South Pacific, Fiji)
資料名： Journal of Theoretical Biology  (Journal of Theoretical Biology)
巻： 425  ページ： 97-102  発行年： 2017年 
JST資料番号： A0288B  ISSN： 0022-5193  CODEN： JTBIA  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 翻訳後修飾(PTM)は蛋白質の共有結合と酵素的修飾,プロテオームを多様化に寄与する。細胞機能に必須の役割を持つ多くの報告されたPTMにもかかわらず,リジンスクシニル化は特に興味の対象として出現した。実験的同定は高価で時間のかかるプロセスであるので,計算予測因子は,この重要な問題に取り組むための最近提案されている。しかし,電流予測器の性能はまだ非常に限られている。本論文では,スクシニル化リシン残基を予測するためのアミノ酸の進化情報を用いたPSSM Sucと呼ばれる新しい予測法を提案した。ここでは,位置特異的スコアリングマトリックスから抽出したプロファイル二重字(bigram)の観点から各リジン残基を述べた。は広く使用されているベンチマークデータセットを用いた既存の予測因子のそれとPSSM Sucの性能を比較した。PSSM Sucは最先端の予測因子を通じて性能の顕著な改良を示した。その感度,精度とMatthews相関係数はそれぞれ0.8159,0.8199と0.6396であった。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： アミノ酸 ,  翻訳後修飾 ,  プロテオーム ,  共有結合 ,  *予測 ,  アミノ酸配列 ,  予測技法 ,  相関係数 ,  *スクシニル化 ,  *特徴抽出 ,  脂肪族アミン ,  脂肪族カルボン酸 ,  第一アミン
準シソーラス用語： リジン残基 ,  残基 ,  予測因子 ,  *bigram , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： 蛋白質配列 ,  アミノ酸 ,  スクシニル化予測

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  分子構造  (EB03020Y)

物質索引 (1件)： リジン

タイトルに関連する用語 (7件)： しょ糖 ,  特徴抽出 ,  bigram ,  スコアリング ,  マトリックス ,  スクシニル化 ,  予測